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cqlsf

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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zhang860215: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:57:18
引用回帖:
2楼: Originally posted by cqlsf at 2013-01-04 20:25:24
现有的序列i是段 16s，还是什么？  考虑DNAMAN，ClustalX 试试

需要知道大概的种属分类地位，然后找到其他菌株的相关序列。

ty1--Phylogenetic_Tree.gif
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老顽虫是大酱油滴：知新，行知，业精于勤。。。木虫的闺蜜叫木马。。
11楼2013-01-05 20:12:11
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vgyhn

木虫 (职业作家)
顶起！
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12楼2013-01-05 20:55:50
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jiangronglu

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
zhang860215: 金币+50, ★★★很有帮助 2013-01-06 18:57:39
什么情况？可能是你选用的其他序列不一定相似对差，可以直接在NCBI上操作。如果想保密自己的序列，你可以下载一个MEGA 5.0就可以了。楼主你选用的其他比对的序列不对，应该选择不同种属的，要有差异，这样看起来比较好的
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努力就有收获，人人都能成功
13楼2013-01-05 23:59:13
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by jiangronglu at 2013-01-05 23:59:13
什么情况？可能是你选用的其他序列不一定相似对差，可以直接在NCBI上操作。如果想保密自己的序列，你可以下载一个MEGA 5.0就可以了。楼主你选用的其他比对的序列不对，应该选择不同种属的，要有差异，这样看起来比较 ...

就是在NCBI上比对出来除了大肠杆菌属就是两个不确定的属，相似度很高，做出来的图就这样了，所以我想是不是我自己图没做好的原因，请教一下
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
14楼2013-01-06 09:22:59
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

大肠杆菌就是种吧？只不过是不同的strain菌株。
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15楼2013-01-06 11:05:11
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你要说明你做这个图是干什么用的，要求是什么？需要达到什么目的？
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16楼2013-01-06 11:08:26
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joy_zuer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by zhang860215 at 2013-01-05 17:19:28
我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497
我自己构建的发育树.docx(22.46KB)
http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DQ-L9u-nUAQA4bb?p=130497...

uncultured organism说的是不能体外培养的生物。这种菌一般是在其他生物体内共生的共生细菌。应该也是属于大肠杆菌的一种。
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17楼2013-01-06 11:11:46
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xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
能在详细些么？大概多少条？发下序列吧
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18楼2013-01-06 13:04:56
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by joy_zuer at 2013-01-06 11:11:46
uncultured organism说的是不能体外培养的生物。这种菌一般是在其他生物体内共生的共生细菌。应该也是属于大肠杆菌的一种。...

那比对出来就是所有的都是大肠杆菌的了，不知道是不是这个原因做出的树不是很美观，可以在修改的美观点吗，因为自己不是很懂所以请教一下
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
19楼2013-01-06 13:19:31
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zhang860215

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by elbo at 2013-01-05 19:05:27
我是做多样性分析的，以下是我的个人建议，首先你要选择外群，这个外群你可以参考别人相似研究中的菌株，二 构建发育树的时候，所有序列方向要一致，就是你的序列和NCBI序列BLAST的时候，你看具体比对结果 QUery 和 ...

您说的是我选用的菌株可以不是BLAST比对列表出来的对吗？主要是自己对这方面不是很懂
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幸福，就是找一个温暖的人过一辈子。
20楼2013-01-06 13:24:00
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