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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 系统发育树的建立和分析
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201014162

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树的建立和分析

最近在做系统发育树，得到结果如图，我测得几个序列只有两个和NCBI上的在一支，其他的都在另一支上，这是什么原因？我已经找的相似度较大的了。这样的话怎么分析呀？请高手赐教！谢谢

1.jpg
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生命在于奋斗
1楼 2013-03-27 19:03:34
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niil

金虫 (正式写手)
楼主是否可以告知最下面那个分支里面的序列的blast的结果。比如说，bacteria 3的blast结果是和那个物种最相似？
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Stop fighting,let it flow.
3楼2013-03-27 20:57:40
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-03-27 21:02:12
我觉得这也挺正常的吧，就描述一下这个结果就可以啊，为什么一定要找是什么原因呢？楼主是不是希望下面一簇里最好有一个已知物种啊？不知道像3 6 11 2 这些序列在GenBank做 blast 的话跟best hit有多高identity？best hit是上面一簇里的某个种吗？
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2楼2013-03-27 19:59:26
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201014162

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2013-03-27 19:59:26
我觉得这也挺正常的吧，就描述一下这个结果就可以啊，为什么一定要找是什么原因呢？楼主是不是希望下面一簇里最好有一个已知物种啊？不知道像3 6 11 2 这些序列在GenBank做 blast 的话跟best hit有多高identity？ ...

对  我是想要这些未知的得有同源的吧  检索的相似度高的都放了  结果都没有  这样的话不等于说我测了   结果全是未知种了吗
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生命在于奋斗
4楼2013-03-28 08:42:00
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201014162

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by niil at 2013-03-27 20:57:40
楼主是否可以告知最下面那个分支里面的序列的blast的结果。比如说，bacteria 3的blast结果是和那个物种最相似？

比如说：
3 对应的是DQ413148.1 Zoogloea caeni strain EMB 43
6 对应的是AF458779.1 Clostridium subatlanticum
11            AF134070.1 Actinomadura vinacea

我是在韩国一个序列分析网站上查的，这个网站给出相似度，但是他检索的的时候好像不检索uncultured，结果相似度都不高，而NCBI里检索的都是99%，不知道找那些
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生命在于奋斗
5楼2013-03-28 08:46:56
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