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201014162

金虫 (正式写手)

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[求助] 系统发育树的建立和分析

最近在做系统发育树，得到结果如图，我测得几个序列只有两个和NCBI上的在一支，其他的都在另一支上，这是什么原因？我已经找的相似度较大的了。这样的话怎么分析呀？请高手赐教！谢谢

1.jpg

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生命在于奋斗

1楼2013-03-27 19:03:34

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201014162

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

3楼: Originally posted by niil at 2013-03-27 20:57:40
楼主是否可以告知最下面那个分支里面的序列的blast的结果。比如说，bacteria 3的blast结果是和那个物种最相似？

比如说：
3 对应的是DQ413148.1 Zoogloea caeni strain EMB 43
6 对应的是AF458779.1 Clostridium subatlanticum
11 AF134070.1 Actinomadura vinacea

我是在韩国一个序列分析网站上查的，这个网站给出相似度，但是他检索的的时候好像不检索uncultured，结果相似度都不高，而NCBI里检索的都是99%，不知道找那些