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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lcat at 2013-03-28 13:59:47
我觉得还是要按NCBI的来吧,你可以只选择各自得分最高的一条放进来啊。不然确实给人下面这一大支全都是新物种的感觉...

恩  我再重做一下
生命在于奋斗
11楼2013-03-29 09:51:47
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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yang1279 at 2013-03-28 14:29:58
楼主要说清楚是用核酸还是蛋白序列做的树,还有是用什么方法做的, 我觉得可能你的alignment有些问题

我做的是核酸,用的Mega上的邻位相连法
生命在于奋斗
12楼2013-03-29 09:53:30
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201014162

金虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-03-28 17:24:18
1.先说清楚你构建的是什么树,什么方法,你的标记用的是什么,长度和多态性。
2.是不是几种建树方法都一直。
3.如果你建的是有根树,外群找的是否合适。
4.你到底要说明什么问题。
   光凭一课说,基本说明不了 ...

我做的是系统发育树,用的是Mega上的邻位相连法,至于有根树还是无根树我不懂,不知道怎么给你说,建树方法我是按照木虫上提供的步骤做的。我做的是全菌序列,用的引物是F338和R518,想要鉴定一下样品中都是什么种群。
谢谢!
生命在于奋斗
13楼2013-03-29 09:58:08
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
201014162: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢 2013-03-31 16:38:56
N-J法的好处就是算法比较简单,不过需要一个很好的外群,才会有很好的拓扑结构出现。
建议你使用Phylip这个软件来算N-J树。如果你老师要求不严格,这一个数可以交差了,不过凭一个树下结论,有点牵强。
祝好!
将相本无种★男儿当自强
14楼2013-03-30 14:49:10
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denysa

新虫 (初入文坛)

楼主问题解决了吗?我也遇到了相似问题,序列反转后画出来还是一样,求助啊
15楼2013-04-11 15:40:57
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wuliaotiny

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 201014162 at 2013-03-29 09:50:52
好的  多谢  我试试...

我也遇到了这个问题,想像你请教一下
16楼2015-12-16 17:01:24
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