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三蛰

铜虫 (小有名气)

[求助] blast后的identity

氨基酸比对后发现与其他生物的同源基因的氨基酸identity只有有54%，这样能认为我得到的基因就是我要的。
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我不会！
1楼 2013-11-20 20:40:35
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kernim

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
三蛰: 金币+1, ★有帮助 2013-11-21 20:49:13
不能吧，我们比对都要相似度98%左右的，还要看一个cover吧
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2楼2013-11-20 22:16:39
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-11-21 08:52:28
三蛰: 金币+2, ★有帮助 2013-11-21 20:47:53
这个真的没有统一的量化标准，有的直系同源物在物种间只有15%一致性，有的一致性到了80%以上还是旁系同源。因为同源性和序列一致性本来就是两个角度的描述。
一般来说，物种间双向blastp比对之后，彼此都是top hit，且具有相对较高的序列一致性，就可以先说认为是直系同源了，可以继续通过功能实验加以印证。
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3楼2013-11-21 05:32:45
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xiaoyi-1988

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
三蛰: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-11-21 20:47:37
初步可以断定为同源了，我们在研究蛋白功能时通过氨基酸序列比对一般序列相同度达到40%，我们就会对其是否就有相关功能加以用实验的方法对其研究，比对后整体序列相同度不高时，楼主可以看一下局部相同度是否高，然后分析其是否含有相同的结构域和保守区。
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风雨无悔，踏踏实实走好人生路上的每一步。
4楼2013-11-21 09:18:32
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三蛰

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyi-1988 at 2013-11-21 09:18:32
初步可以断定为同源了，我们在研究蛋白功能时通过氨基酸序列比对一般序列相同度达到40%，我们就会对其是否就有相关功能加以用实验的方法对其研究，比对后整体序列相同度不高时，楼主可以看一下局部相同度是否高，然 ...

谢谢！局部有不少同源性较高的保守区！最近查了文献觉得您说的对！谢谢拉！
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我不会！
5楼2013-11-21 20:38:10
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三蛰

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by kernim at 2013-11-20 22:16:39
不能吧，我们比对都要相似度98%左右的，还要看一个cover吧

cover是97
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我不会！
6楼2013-11-21 20:40:23
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