24小时热门版块排行榜    

查看: 1347  |  回复: 6

amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请教blast结果的解读 已有6人参与

将细菌16S rDNA序列提交到GenBank进行比对,得到的比对结果中,有Max score, total score, Max ident等几项,请问哪项指标代表序列最相似?因为我发现有时候score最大者其max ident却不是最大。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

怎么都行

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-10-07 23:24:30
我记得total score是该条比对结果与query的总符合的比例,例如94%意为query序列中总共有94%的序列与该结果能对应。
Max score是最大的一段能与结果对应的序列占query的比例。

Max ident是query能与该条比对结果对应的序列中出现的最高的一致度。

score大的比对结果不见得Max ident就最大,这很正常。一般两者都高的结果就最接近于真实
2楼2010-10-07 23:09:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ran2010

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+3):新虫鼓励交流。 2010-10-19 08:34:13
identity代表完全相同的位点个数
positive代表在BLOSUM62(BLAST默认)得分算法下,得分为正的位点个数(楼主是测dna应该是ident=positive吧?)
score是系统自带的算法,比较复杂。。
MAX score是seed扩展过程中的最大得分,total是最后得分
一般看ident就可以啦
3楼2010-10-19 07:25:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

taigongzaici

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
开卷有益,又学到不少东西,感谢发帖和回帖的虫子们
4楼2010-10-19 08:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖仅楼主可见
5楼2010-10-19 08:30:30
已阅   申请BioEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

evebobo

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-31 13:52:06
请问这些值应该优先考虑哪个呢?  如果都相同怎么选  那么多值都是一样的 但却不是一个属

另外还有一种情况 total score  query    E值      Max ident
                                  337   96%    2e-89          98%
                                  2316  96%    8e-88          97%
这两种情况应该怎么选呢 ?  有没有高人指点  很迷茫

另外还有提交NCBI获取登录号 具体操作
6楼2010-10-31 12:06:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tkfg

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也有这个困惑。score高的,ident不一定最高。如何取舍?
7楼2015-05-24 00:23:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 amq7392 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 306分材料调剂 +3 chuanzhu川烛 2026-03-01 4/200 2026-03-01 12:32 by houyaoxu
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 材料学调剂 +7 提神豆沙包 2026-02-28 9/450 2026-03-01 11:50 by 王伟要上岸啊
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +3 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 6/300 2026-03-01 11:50 by gaoxiaoniuma
[考研] 材料类求调剂 +8 wana_kiko 2026-02-28 8/400 2026-03-01 11:44 by 王伟要上岸啊
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二 +7 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 7/350 2026-03-01 11:44 by 月下best
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考研] 291分工科求调剂 +7 science饿饿 2026-03-01 8/400 2026-03-01 10:43 by sunny81
[考研] 0856求调剂285 +6 吕仔龙 2026-02-28 6/300 2026-03-01 10:03 by wang_dand
[论文投稿] Optics letters投稿被拒求助 30+3 luckyry 2026-02-26 4/200 2026-03-01 09:06 by babero
[考研] 284求调剂 +5 天下熯 2026-02-28 5/250 2026-03-01 08:49 by ms629
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +4 弗格个 2026-02-28 6/300 2026-02-28 22:00 by wang_dand
[考研] 295求调剂 +5 19171856320 2026-02-28 5/250 2026-02-28 21:39 by gaoxiaoniuma
[考博] 26申博 +4 想申博! 2026-02-26 4/200 2026-02-28 21:37 by limorning
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[基金申请] 面上可以超过30页吧? +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
信息提示
请填处理意见