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amq7392

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请教blast结果的解读 已有6人参与

将细菌16S rDNA序列提交到GenBank进行比对,得到的比对结果中,有Max score, total score, Max ident等几项,请问哪项指标代表序列最相似?因为我发现有时候score最大者其max ident却不是最大。
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taigongzaici

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
开卷有益,又学到不少东西,感谢发帖和回帖的虫子们
4楼2010-10-19 08:00:34
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怎么都行

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-10-07 23:24:30
我记得total score是该条比对结果与query的总符合的比例,例如94%意为query序列中总共有94%的序列与该结果能对应。
Max score是最大的一段能与结果对应的序列占query的比例。

Max ident是query能与该条比对结果对应的序列中出现的最高的一致度。

score大的比对结果不见得Max ident就最大,这很正常。一般两者都高的结果就最接近于真实
2楼2010-10-07 23:09:53
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Ran2010

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+3):新虫鼓励交流。 2010-10-19 08:34:13
identity代表完全相同的位点个数
positive代表在BLOSUM62(BLAST默认)得分算法下,得分为正的位点个数(楼主是测dna应该是ident=positive吧?)
score是系统自带的算法,比较复杂。。
MAX score是seed扩展过程中的最大得分,total是最后得分
一般看ident就可以啦
3楼2010-10-19 07:25:22
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匿名

用户注销 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
本帖仅楼主可见
5楼2010-10-19 08:30:30
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