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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 手上有几个氨基酸序列，如何分析其保守性？
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忧郁的五花肉

新虫 (初入文坛)

[求助] 手上有几个氨基酸序列，如何分析其保守性？ 已有3人参与

想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。
现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？比如：我该怎么设置参数，运行结果该怎么解读之类的，自己完全搞不懂啊OTZ。如果不能用BLAST，还有啥别的工具可用吗？麻烦各位大神了！！！
本人刚接触生物信息学，完全被虐成渣了
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1楼 2014-12-24 16:14:33
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
它有同源基因，然后你可以在一些软件，比如mega等可以看一些共有的序列，然后你也可以在一些与如厕软件上进行预测。
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2楼2014-12-24 16:21:54
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ysx0226

金虫 (小有名气)
保守性是不是该查询这些蛋白共有的保守domain？
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3楼2014-12-27 22:09:49
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ls2046

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
忧郁的五花肉: 金币+3, ★★★很有帮助, 说得满详细的，我去试试吧，谢谢！ 2014-12-31 11:51:24
看你对保守性的定义。
1、通过blast比对，找到你的蛋白质是什么蛋白质，如果可以确定应该属于什么蛋白质之后，那么：
1)可以找相关文献，看看人家的研究和分析，确定保守AAs or domain；
2）可以从NCBI中（blastp）下载大量序列，通过自己的分析，确定保守AAs or domain（可以认为，在多种属来源的不同氨基酸序列中都是一致或相当接近的即为保守）。
2、分析的软件有很多，简单的如DNAMAN和BioEdit等，入手快，分析直观。
慢慢整吧，可以就近请教高手。
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一品黄山
4楼2014-12-28 10:05:14
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的软件！我先去整着试试哈…… 2014-12-31 11:52:35
先用BLAST分析比对你的氨基酸序列，对于同源性比较高的序列（BLAST结果排在前面的结果）下载下来（以fasta格式保存），之后用mega软件进行比对，找到保守序列。
给你提供mega5.0这个软件，我网盘里的，具体操作可以网上找。
mega5.0下载地址：http://yunpan.cn/Q74PZYWZz7Anj  提取码 67d8
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没有做不到，只有想不到！
5楼2014-12-28 14:45:03
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彭丽

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王平阳 at 2014-12-28 14:45:03
先用BLAST分析比对你的氨基酸序列，对于同源性比较高的序列（BLAST结果排在前面的结果）下载下来（以fasta格式保存），之后用mega软件进行比对，找到保守序列。
给你提供mega5.0这个软件，我网盘里的，具体操作可以 ...

亲，你分享的软件已经不在了，恳求发一份至我的邮箱?非常感谢！peelily@foxmail.com
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6楼2016-12-19 22:17:26
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