| 查看: 14699 | 回复: 5 | ||
[求助]
手上有几个氨基酸序列，如何分析其保守性？ 已有3人参与
|
|
想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。 现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？比如：我该怎么设置参数，运行结果该怎么解读之类的，自己完全搞不懂啊OTZ。如果不能用BLAST，还有啥别的工具可用吗？麻烦各位大神了！！！ 本人刚接触生物信息学，完全被虐成渣了  |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有129人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白药物为何要进行N-端和C-端数个氨基酸序列的测定呢？这样做有什么意义呢？
已经有4人回复
- 求助各位虫虫，有没有人知道如何从蛋白质氨基酸序列来推测基因序列的研究手段
已经有8人回复
- 怎么利用氨基酸序列模拟三级结构呢？
已经有5人回复
- rDNA-ITS序列分析？
已经有4人回复
- 如何从单克隆抗体的氨基酸序列中找出其Fc区，CDR区？
已经有9人回复
- 求助啊~怎么找IL-17A与受体结合部位的氨基酸序列~
已经有4人回复
- 求将多条核酸序列转化为氨基酸序列的方法或软件使用过程
已经有6人回复
- 关于蛋白酶特异性断裂氨基酸序列的问题
已经有4人回复
- 蛋白质氨基酸序列问题
已经有8人回复
- 已知基因的氨基酸序列，怎么在NCBI上找到核苷酸序列啊~~
已经有9人回复
- 氨基酸和核苷酸的序列比对问题
已经有8人回复
- 序列分析和氨基酸功能预测
已经有7人回复
- 上有核酸，下有氨基酸序列的图片如何做
已经有9人回复
- 已知核苷酸序列（cDNA序列），如何推算其氨基酸序列，同时让其显示在下方
已经有7人回复
- 能否用蛋白质SDS-PAGE的条带去做氨基酸序列分析？
已经有6人回复
- 有什么软件可以把多个核苷酸序列翻译成氨基酸的序列
已经有14人回复
- 知道氨基酸序列，如何得知核苷酸序列
已经有5人回复
- 蛋白氨基酸序列分析及二、三、四级结构的鉴定
已经有33人回复
- 【求助/交流】求助 大家用什么软件比对氨基酸序列啊。谢谢
已经有7人回复
- 【求助/交流】已知N端11个氨基酸序列如何设计引物
已经有6人回复
- 【求助/交流】基因序列不同，氨基酸序列相同
已经有5人回复
- 【求助/交流】新手请教如何对不同物种中某一酶的氨基酸序列进行比对再设计简并引物啊�
已经有10人回复
红卫大兵
木虫 (正式写手)
- 应助: 177 (高中生)
- 金币: 1875.1
- 散金: 174
- 红花: 8
- 帖子: 358
- 在线: 167.5小时
- 虫号: 2147864
- 注册: 2012-11-26
- 性别: GG
- 专业: 植物进化生物学
2楼2014-12-24 16:21:54
3楼2014-12-27 22:09:49
ls2046
铁杆木虫 (职业作家)
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 26080.8
- 散金: 150
- 红花: 8
- 帖子: 3067
- 在线: 120.1小时
- 虫号: 350727
- 注册: 2007-04-21
- 性别: GG
- 专业: 微生物遗传育种学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
忧郁的五花肉: 金币+3, ★★★很有帮助, 说得满详细的，我去试试吧，谢谢！ 2014-12-31 11:51:24
忧郁的五花肉: 金币+3, ★★★很有帮助, 说得满详细的，我去试试吧，谢谢！ 2014-12-31 11:51:24
|
看你对保守性的定义。 1、通过blast比对，找到你的蛋白质是什么蛋白质，如果可以确定应该属于什么蛋白质之后，那么： 1)可以找相关文献，看看人家的研究和分析，确定保守AAs or domain； 2）可以从NCBI中（blastp）下载大量序列，通过自己的分析，确定保守AAs or domain（可以认为，在多种属来源的不同氨基酸序列中都是一致或相当接近的即为保守）。 2、分析的软件有很多，简单的如DNAMAN和BioEdit等，入手快，分析直观。 慢慢整吧，可以就近请教高手。  |
4楼2014-12-28 10:05:14
【答案】应助回帖
★ ★
忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的软件！我先去整着试试哈…… 2014-12-31 11:52:35
忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的软件！我先去整着试试哈…… 2014-12-31 11:52:35
|
先用BLAST分析比对你的氨基酸序列，对于同源性比较高的序列（BLAST结果排在前面的结果）下载下来（以fasta格式保存），之后用mega软件进行比对，找到保守序列。 给你提供mega5.0这个软件，我网盘里的，具体操作可以网上找。 mega5.0下载地址：http://yunpan.cn/Q74PZYWZz7Anj 提取码 67d8 |
5楼2014-12-28 14:45:03
6楼2016-12-19 22:17:26
