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手上有几个氨基酸序列，如何分析其保守性？ 已有3人参与
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想做蛋白质相互作用位点预测，需要氨基酸序列保守性作为特征之一。但是完全不懂怎么分析保守性。 现有的氨基酸序列是fasta格式的。之前有人说可以用BLAST分析，如果可以的话该怎么用？比如：我该怎么设置参数，运行结果该怎么解读之类的，自己完全搞不懂啊OTZ。如果不能用BLAST，还有啥别的工具可用吗？麻烦各位大神了！！！ 本人刚接触生物信息学，完全被虐成渣了  |
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【答案】应助回帖
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忧郁的五花肉: 金币+3, ★★★很有帮助, 说得满详细的，我去试试吧，谢谢！ 2014-12-31 11:51:24
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看你对保守性的定义。 1、通过blast比对，找到你的蛋白质是什么蛋白质，如果可以确定应该属于什么蛋白质之后，那么： 1)可以找相关文献，看看人家的研究和分析，确定保守AAs or domain； 2）可以从NCBI中（blastp）下载大量序列，通过自己的分析，确定保守AAs or domain（可以认为，在多种属来源的不同氨基酸序列中都是一致或相当接近的即为保守）。 2、分析的软件有很多，简单的如DNAMAN和BioEdit等，入手快，分析直观。 慢慢整吧，可以就近请教高手。  |
4楼2014-12-28 10:05:14
【答案】应助回帖
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忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的软件！我先去整着试试哈…… 2014-12-31 11:52:35
忧郁的五花肉: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢你的软件！我先去整着试试哈…… 2014-12-31 11:52:35
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先用BLAST分析比对你的氨基酸序列，对于同源性比较高的序列（BLAST结果排在前面的结果）下载下来（以fasta格式保存），之后用mega软件进行比对，找到保守序列。 给你提供mega5.0这个软件，我网盘里的，具体操作可以网上找。 mega5.0下载地址：http://yunpan.cn/Q74PZYWZz7Anj 提取码 67d8 |
5楼2014-12-28 14:45:03
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