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swcjj

铁虫 (小有名气)

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[求助] 序列分析和氨基酸功能预测已有1人参与

求助：请问我有一段mRNA序列，怎么划分它的外显子区域，预测它的氨基酸功能域呢？急求！

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1楼 2013-01-17 15:48:53

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yesali

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-22 12:02:13

先预测一下开放阅读框吧，可以用ORF finder
链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi

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2楼2013-01-17 15:55:24

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swcjj

铁虫 (小有名气)

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我的这个序列已经是开放阅读框了，我想根据这个ORF序列得到这样的效果：
由几个外显子组成，在核苷酸水平上1-X位核苷酸为第1外显子，X位核苷酸为第2外显子，X位核苷酸为第3外显子......在氨基酸水平上X位氨基酸残基为信号肽，第X-X位为X 功能区，第X位X 功能区......
可以看明白吗？就是想得到类似这样的效果，谢谢

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3楼2013-01-17 16:06:13

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