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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 序列分析和氨基酸功能预测
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swcjj

铁虫 (小有名气)

[求助] 序列分析和氨基酸功能预测 已有1人参与

求助：请问我有一段mRNA序列，怎么划分它的外显子区域，预测它的氨基酸功能域呢？急求！
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1楼 2013-01-17 15:48:53
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yesali

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-22 12:02:13
先预测一下开放阅读框吧，可以用ORF finder
链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi
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2楼2013-01-17 15:55:24
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swcjj

铁虫 (小有名气)
我的这个序列已经是开放阅读框了，我想根据这个ORF序列得到这样的效果：
由几个外显子组成，在核苷酸水平上1-X位核苷酸为第1外显子，X位核苷酸为第2外显子，X位核苷酸为第3外显子......在氨基酸水平上X位氨基酸残基为信号肽，第X-X位为X 功能区，第X位X 功能区......
可以看明白吗？就是想得到类似这样的效果，谢谢
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3楼2013-01-17 16:06:13
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diandong

禁虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2013-01-17 16:36:45
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swcjj

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by diandong at 2013-01-17 16:36:45
http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1

有没有这个的教程？本人新手，非常感谢啊
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5楼2013-01-17 16:51:55
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用FGenesh，GenMarkHMM等预测基因的软件预测就是
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6楼2013-01-19 09:36:52
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swcjj

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by robertorun at 2013-01-19 09:36:52
用FGenesh，GenMarkHMM等预测基因的软件预测就是

哦，谢谢啊，我试试
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7楼2013-01-22 09:56:14
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虫子—zyq

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

内容已删除
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8楼2016-03-27 18:12:24
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