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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因blast结果分析
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tommylike

铜虫 (小有名气)

[求助] 基因blast结果分析 已有2人参与

我们项目组正在进行某个果树物种的全基因组测序，基本已经完成。
现在利用在NCBI下载的基因序列，包括拟南芥、番茄等，通过比对获得了我们这个物种的相关基因序列
但是搞不太清下一步我对这些基因怎么进行研究和分析
公司返回的这些数据是要一个一个去拿到NCBI比对，然后找到这条序列对应的是什么基因吧？我怎么能知道具体哪一条序列对的是哪一个基因家族的基因呢？
下一步是设计引物进行基因的验证吗？是否还要对这些基因进行再测序核对呢？
我是新手，不要太懂，请多多帮忙啦！
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1楼 2015-03-12 10:36:44
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tommylike

铜虫 (小有名气)
就是我现在有这样的一些数据，我该怎么分析呢？这些找到的基因可以直接设计引物pcr吗？是否还需要对这些基因再blast一下

#Query_id        Query_length        Query_start        Query_end        Q_align_ratio        Strand        Subject_id        Subject_length        Subject_start        Subject_end        S_align_ratio        Score        Identity
gi|A35021|ACO|Solanum        1080        53        946        0.83        +        evm.model.scaffold10873.7        338        26        321        0.88        106        34.64
gi|AK226856|ACO|Arabidopsis        1307        110        1184        0.82        +        evm.model.scaffold10873.7        338        13        336        0.96        117        35
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2楼2015-03-12 14:19:54
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tommylike(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-12 20:21:26
tommylike: 金币+2, ★有帮助 2015-03-13 17:34:54
primer design does not need blast result, use software such as Primer which is available on this forum
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3楼2015-03-12 19:06:07
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gnot_nail

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tommylike(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-12 20:21:33
tommylike: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-13 17:35:00
可以尝试做个进化树，这样可以大致知道你的目的基因与你搜集到的其他物种基因哪个更接近，可以知道你的目的基因属于哪一类。比如说进化树结果可能会显示你的目的基因与某种果树的某种基因属于同一类基因的可能性为90%，然后你再具体分析那种果树基因的功能，这样可以推测出你的目的基因可能具有类似的功能。或者如果是蛋白的数据，有一样道理，用氨基酸序列去做进化树。
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tommylike
4楼2015-03-12 19:18:22
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tommylike

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gnot_nail at 2015-03-12 19:18:22
可以尝试做个进化树，这样可以大致知道你的目的基因与你搜集到的其他物种基因哪个更接近，可以知道你的目的基因属于哪一类。比如说进化树结果可能会显示你的目的基因与某种果树的某种基因属于同一类基因的可能性为9 ...

恩，受教了。多谢哦
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5楼2015-03-13 17:32:50
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tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2015-03-12 19:06:07
primer design does not need blast result, use software such as Primer which is available on this forum

好滴
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6楼2015-03-13 17:33:32
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