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cekiv

新虫 (初入文坛)

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[求助] 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？已有4人参与

已有某物种转录组测序结果，某基因部分cDNA序列
希望获得该基因cDNA全部序列

本人菜鸟，求具体操作过程和工具，谢谢

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1楼2014-09-10 16:31:32

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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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cekiv(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:28:10

你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列。

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2楼2014-09-10 23:05:50

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妖尾的小夏

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2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-10 23:05:50
你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列 ...

我也是这种情况，有转录组cdna，但是我的是一个新物种，blast不出结果，而且筛选出来的目的基因序列不是以atg开头，我想要扩全长，不知道怎么办，求教～

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5楼2015-10-08 00:08:47

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