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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)

[求助] 求转录组测序相关文章 已有2人参与

想要做一种植物的转录组测序，但是它没有基因组测序也没有NCBI中也没有EST序列，这样的话后期分析有意义吗？
求植物方面的转录组测序相关的代表文章，好参考参考
谢谢
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1楼 2013-10-14 11:12:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

观止矣

木虫 (小有名气)

蠹虫
★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2013-11-16 11:29:43
引用回帖:
3楼: Originally posted by 憨憨可爱多 at 2013-10-15 15:03:30
我是想做几种不同倍性的植物的转录组差异，筛选差异表达基因，这样没有参考基因容易不...

容不容易做其实无所谓，都是送出去。一般而言，无参考基因组的转录组，一般有几个步骤：
1）对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理；
2）数据产出统计及测序数据的成分和质量评估；
3）组装结果分析；
4）Unigene功能注释及COG分析；
5）Unigene的GO分类；
6）Unigene代谢通路分析；
7）预测编码蛋白框（CDS）；
8）Unigene表达差异分析；
9）Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析；
10）SNP分析（仅针对真核生物）；
11）SSR开发及引物设计（仅针对真核生物）。
当然，最重要的RNA-seq肯定是做不了的，因为没有基因组信息。
多倍体转录组目前研究的人非常少，如果你打算做的话，可以做最基本的一些分析，也能发paper的，嘿嘿。
话说回来，不知道你的多倍体是自然加倍还是人工加倍，是同源还是异源，你可以多看一些文献，多倍体的转录翻译都与一般的二倍体存在很大差异。多看综述哦。
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做人要知足，做事要知不足，做学问要不知足。
9楼2013-10-17 20:19:25
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jasco

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
3楼: Originally posted by 憨憨可爱多 at 2013-10-15 15:03:30
我是想做几种不同倍性的植物的转录组差异，筛选差异表达基因，这样没有参考基因容易不...

这个目的的话，做消减文库更直接
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6楼2013-10-16 13:49:26
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普通回帖

观止矣

木虫 (小有名气)

蠹虫
★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-15 10:41:55
可以选择无参考基因组的转录组，虽然可能不如有参考基因组的准确，但一般来说还是有一定意义的。你首先要设计好实验，不要盲目上手，一定选好对照和实验株系，做好重复，提取RNA要过关，测序深度要适当。总之就是比较费钱，哈哈。
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做人要知足，做事要知不足，做学问要不知足。
2楼2013-10-15 09:20:17
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 观止矣 at 2013-10-15 09:20:17
可以选择无参考基因组的转录组，虽然可能不如有参考基因组的准确，但一般来说还是有一定意义的。你首先要设计好实验，不要盲目上手，一定选好对照和实验株系，做好重复，提取RNA要过关，测序深度要适当。总之就是比 ...

我是想做几种不同倍性的植物的转录组差异，筛选差异表达基因，这样没有参考基因容易不
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3楼2013-10-15 15:03:30
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文库构建

铁虫 (小有名气)

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构建细菌人工染色体文库（BAC文库），建好之后筛库就行了。
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4楼2013-10-16 09:13:06
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 文库构建 at 2013-10-16 09:13:06
构建细菌人工染色体文库（BAC文库），建好之后筛库就行了。

谢谢
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5楼2013-10-16 09:26:45
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taccycle

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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引用回帖:
6楼: Originally posted by jasco at 2013-10-16 13:49:26
这个目的的话，做消减文库更直接...

消减文库果断好啊，做转录组测序的话没戏，一点戏都没有，连参考基因组序列都没有，测出来的RNA序列都没法拼接的，做不了RNAseq的
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用心
7楼2013-10-16 16:00:40
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jasco at 2013-10-16 13:49:26
这个目的的话，做消减文库更直接...

谢谢
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8楼2013-10-16 16:01:41
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憨憨可爱多

木虫 (正式写手)
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10楼2013-10-20 09:33:34
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