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想要做一种植物的转录组测序，但是它没有基因组测序也没有NCBI中也没有EST序列，这样的话后期分析有意义吗？ 求植物方面的转录组测序相关的代表文章，好参考参考 谢谢 |
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kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2013-11-16 11:29:43
kx444555: 金币+5, 鼓励交流 2013-11-16 11:29:43
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容不容易做其实无所谓，都是送出去。一般而言，无参考基因组的转录组，一般有几个步骤： 1）对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理； 2）数据产出统计及测序数据的成分和质量评估； 3）组装结果分析； 4）Unigene功能注释及COG分析； 5）Unigene的GO分类； 6）Unigene代谢通路分析； 7）预测编码蛋白框（CDS）； 8）Unigene表达差异分析； 9）Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析； 10）SNP分析（仅针对真核生物）； 11）SSR开发及引物设计（仅针对真核生物）。 当然，最重要的RNA-seq肯定是做不了的，因为没有基因组信息。 多倍体转录组目前研究的人非常少，如果你打算做的话，可以做最基本的一些分析，也能发paper的，嘿嘿。 话说回来，不知道你的多倍体是自然加倍还是人工加倍，是同源还是异源，你可以多看一些文献，多倍体的转录翻译都与一般的二倍体存在很大差异。多看综述哦。 |
9楼2013-10-17 20:19:25
jasco
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