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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助关于转录组
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于转录组

想问下大家，目前做的低等动物转录组测序，通过拼接得到了完整的转录组序列，但是这些序列有什么作用？想更深的研究应该再做些什么工作？谢谢！
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加油~~~
1楼2012-12-13 09:22:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

anan_1223

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-12-17 15:31:44
如果您的转录组信息是完整的，倒是可以利用它作为一个平台，进行一下的分析：1）样本的差异分析，例如是不同处理、不同时间条件下的样本差异信息、哪些途径与这个处理相关、某些途径的基因差异变化等等！2）还可以利用这个平台进行基因芯片定制，也可以分析以上的问题！3）转录组层次预测得到的SNP分析，SSR分析等！4）不知道您这边测序时，都进行哪方面的分析了，其实还可以深入分析可变剪接、基因融合等信息，不过这个一般需要专业的技术服务公司来做！
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10楼2012-12-17 10:31:16
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录组测序只是个手段，科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理，再去思考方法论的问题；你这里貌似反过来了？
另外，如果对目的还不清楚，那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了？
另外问个体外话：低等水产动物的转录组，做了de novo拼接，怎么判断得到“完整的转录组”了？ 测序数据量有多大呢？
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2楼2012-12-13 10:43:43
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 10:43:43
转录组测序只是个手段，科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理，再去思考方法论的问题；你这里貌似反过来了？
另外，如果对目的还不清楚，那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了？
另外问个体外话：低 ...

之前没有接触过转录组，来到新的实验室正好在做这个，老板让考虑下拿到这些片段之后的工作，这个转录组测序是正常组织的，没有刺激胁迫，大约拼出了有40000条片段。
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加油~~~
3楼2012-12-13 16:42:46
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Alex_ppz at 2012-12-13 16:42:46
之前没有接触过转录组，来到新的实验室正好在做这个，老板让考虑下拿到这些片段之后的工作，这个转录组测序是正常组织的，没有刺激胁迫，大约拼出了有40000条片段。...

没有一个明确的目标就去测转录组，到最后很难去分析数据，并整理成文的。
另外，你转录组是多个组织分别测序的么？如果这样，也许还可以对不同组织之间进行比较，找点儿话题。如果就只有一个sample，悲剧了
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4楼2012-12-13 17:52:32
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 17:52:32
没有一个明确的目标就去测转录组，到最后很难去分析数据，并整理成文的。
另外，你转录组是多个组织分别测序的么？如果这样，也许还可以对不同组织之间进行比较，找点儿话题。如果就只有一个sample，悲剧了...

确实只有一个sample，能否告诉下一般使用转录组设计实验的程序过程，举个例子，十分感谢！
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加油~~~
5楼2012-12-14 08:17:51
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370769676

银虫 (正式写手)
两位说的我是没多懂。只想问一下：是做数据分析呢还是做具体的机制探讨？
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6楼2012-12-14 09:37:28
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dayulee

木虫 (正式写手)

愚木虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以借助转录组就你们实验室比较关注的领域进行研究，比如说某个基因的差异表达，某些特殊的代谢途径等等。如果就是说测了转录组，守着一大堆数据，意义也不是很大。你先分析下数据吧，可看看有没有什么额外的发现
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好好学习，天天向上
7楼2012-12-14 10:05:57
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 370769676 at 2012-12-14 09:37:28
两位说的我是没多懂。只想问一下：是做数据分析呢还是做具体的机制探讨？

应该是要做具体机制的
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加油~~~
8楼2012-12-17 08:46:27
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by dayulee at 2012-12-14 10:05:57
可以借助转录组就你们实验室比较关注的领域进行研究，比如说某个基因的差异表达，某些特殊的代谢途径等等。如果就是说测了转录组，守着一大堆数据，意义也不是很大。你先分析下数据吧，可看看有没有什么额外的发现

如果说做某些特殊的代谢途径，或者基因的差异表达，应该怎么下手？
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加油~~~
9楼2012-12-17 08:47:21
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