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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于转录组

想问下大家,目前做的低等动物转录组测序,通过拼接得到了完整的转录组序列,但是这些序列有什么作用?想更深的研究应该再做些什么工作?谢谢!
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加油~~~
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by dayulee at 2012-12-14 10:05:57
可以借助转录组就你们实验室比较关注的领域进行研究,比如说某个基因的差异表达,某些特殊的代谢途径等等。如果就是说测了转录组,守着一大堆数据,意义也不是很大。你先分析下数据吧,可看看有没有什么额外的发现

如果说做某些特殊的代谢途径,或者基因的差异表达,应该怎么下手?
加油~~~
9楼2012-12-17 08:47:21
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
转录组测序只是个手段,科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理,再去思考方法论的问题;你这里貌似反过来了?
另外,如果对目的还不清楚,那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了?
另外问个体外话:低等水产动物的转录组,做了de novo拼接,怎么判断得到“完整的转录组”了? 测序数据量有多大呢?
2楼2012-12-13 10:43:43
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 10:43:43
转录组测序只是个手段,科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理,再去思考方法论的问题;你这里貌似反过来了?
另外,如果对目的还不清楚,那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了?
另外问个体外话:低 ...

之前没有接触过转录组,来到新的实验室正好在做这个,老板让考虑下拿到这些片段之后的工作,这个转录组测序是正常组织的,没有刺激胁迫,大约拼出了有40000条片段。
加油~~~
3楼2012-12-13 16:42:46
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by Alex_ppz at 2012-12-13 16:42:46
之前没有接触过转录组,来到新的实验室正好在做这个,老板让考虑下拿到这些片段之后的工作,这个转录组测序是正常组织的,没有刺激胁迫,大约拼出了有40000条片段。...

没有一个明确的目标就去测转录组,到最后很难去分析数据,并整理成文的。
另外,你转录组是多个组织分别测序的么?如果这样,也许还可以对不同组织之间进行比较,找点儿话题。如果就只有一个sample,悲剧了
4楼2012-12-13 17:52:32
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