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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

[求助] 求助关于转录组

想问下大家,目前做的低等动物转录组测序,通过拼接得到了完整的转录组序列,但是这些序列有什么作用?想更深的研究应该再做些什么工作?谢谢!
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加油~~~
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 10:43:43
转录组测序只是个手段,科学研究应该先选定你感兴趣的现象/机理,再去思考方法论的问题;你这里貌似反过来了?
另外,如果对目的还不清楚,那我冒昧揣测 你的转录组对照组啥的也没有了?
另外问个体外话:低 ...

之前没有接触过转录组,来到新的实验室正好在做这个,老板让考虑下拿到这些片段之后的工作,这个转录组测序是正常组织的,没有刺激胁迫,大约拼出了有40000条片段。
加油~~~
3楼2012-12-13 16:42:46
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-13 17:52:32
没有一个明确的目标就去测转录组,到最后很难去分析数据,并整理成文的。
另外,你转录组是多个组织分别测序的么?如果这样,也许还可以对不同组织之间进行比较,找点儿话题。如果就只有一个sample,悲剧了...

确实只有一个sample,能否告诉下一般使用转录组设计实验的程序过程,举个例子,十分感谢!
加油~~~
5楼2012-12-14 08:17:51
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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6楼: Originally posted by 370769676 at 2012-12-14 09:37:28
两位说的我是没多懂。只想问一下:是做数据分析呢还是做具体的机制探讨?

应该是要做具体机制的
加油~~~
8楼2012-12-17 08:46:27
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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7楼: Originally posted by dayulee at 2012-12-14 10:05:57
可以借助转录组就你们实验室比较关注的领域进行研究,比如说某个基因的差异表达,某些特殊的代谢途径等等。如果就是说测了转录组,守着一大堆数据,意义也不是很大。你先分析下数据吧,可看看有没有什么额外的发现

如果说做某些特殊的代谢途径,或者基因的差异表达,应该怎么下手?
加油~~~
9楼2012-12-17 08:47:21
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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10楼: Originally posted by anan_1223 at 2012-12-17 10:31:16
如果您的转录组信息是完整的,倒是可以利用它作为一个平台,进行一下的分析:1)样本的差异分析,例如是不同处理、不同时间条件下的样本差异信息、哪些途径与这个处理相关、某些途径的基因差异变化等等!2)还可以利 ...

十分感谢,要是做样本的差异分析,例如不同处理不同时间,是不是还要将这些样本再次做转录组?
加油~~~
12楼2012-12-18 16:10:57
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Alex_ppz

木虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by dayulee at 2012-12-17 22:11:43
做特殊的代谢途径可能涉及的研究内容就很多了。如果你所要研究的代谢途径在其他模式物种中也有类似的代谢,可以借助已有的代谢途径可以进行验证。转录组测序后有很多注释到得信息,你可以对你所研究的代谢找一些关 ...

十分感谢!
加油~~~
13楼2012-12-18 16:11:56
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