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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 有关转录组测序的两个问题，谢谢！
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)

[求助] 有关转录组测序的两个问题，谢谢！

准备做某个植物材料的转录组测序，和公司商议后，他们有链特异性文库和双链文库两种建库方法，不知道哪个方法更适合筛选差异表达基因和SNP位点分析等研究内容。另外一个问题，我的材料是4倍体商品种，现有的基因组文库信息是依靠2倍体材料做的，这样后期做信息注释或其他内容时是否好做？
希望大家给予指点，盼复！
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1楼 2013-09-23 09:02:43
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zq347597638

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-09-23 09:43:38
tea_gl9871: 金币+2, ★有帮助, 我问的两个问题你都没给解释啊朋友。 2013-09-23 10:59:47
你做的目的是筛选差异表达基因，我上次做的也是这个，但是我的没有参考基因，直接找公司做的转录组测序，后续的SNP人家都会帮你分析好，如果你有参考基因，只要分析差异基因，后续的SNP分析你不是太注重的话，直接做RNA-SEQ就行了。
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2楼2013-09-23 09:33:31
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zq347597638

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
tea_gl9871: 金币+38, ★有帮助, 6 2013-09-26 16:25:19
引用回帖:
2楼: Originally posted by zq347597638 at 2013-09-23 09:33:31
你做的目的是筛选差异表达基因，我上次做的也是这个，但是我的没有参考基因，直接找公司做的转录组测序，后续的SNP人家都会帮你分析好，如果你有参考基因，只要分析差异基因，后续的SNP分析你不是太注重的话，直接做 ...

双链特异性文库我不太了解，链特异性文库需提供参考基因序列、参考基因组序列，他的分析内容和常规的转录组对真核生物是一样的，相比较常规的转录组，他可以较全面的分析原核生物的，我觉得你做常规的就可以了。
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3楼2013-09-25 11:11:12
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zq347597638

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zq347597638 at 2013-09-25 11:11:12
双链特异性文库我不太了解，链特异性文库需提供参考基因序列、参考基因组序列，他的分析内容和常规的转录组对真核生物是一样的，相比较常规的转录组，他可以较全面的分析原核生物的，我觉得你做常规的就可以了。...

四倍体的那个问题 我也不清楚 你可以咨询一下你要做的那家公司的技术部！
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4楼2013-09-25 11:11:56
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