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qbailj

铁虫 (小有名气)

[交流] 转录组测序发现的新基因

小虫做了一组玉米转录组数据的分析，通过与参照组比较，发现了500多个新的基因（就是比对到对照组中没有基因注释的区段）。我现在想把这些新基因整理一下，打算把它们BLAST一下，看一下在其他物种中的同源性。大家还有什么好的建议吗？衷心感谢。。
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1楼 2013-12-16 10:51:30
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清新百合3

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不知道你现在有没有解决这个问题 ，我现在也在做转录组方面的，也想对发现的新基因进行功能验证，如果你的问题已经解决了，请教一下你啊
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2楼2014-03-06 10:27:06
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
最近也遇到一些类似问题
想问一下你们测序的时候用什么做的Assembly?
换句话说 是否是真的新基因 还是由于Assembly导致的一些错误结果？
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3楼2014-05-13 22:46:49
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
第一：可能是拼接过程中产生的，拼接又不是没有误差，肯定会产生比对不了的unigene，可能就是你拼接过程产生的错误。
第二：就算是正确的，转录组测得是rna，rna是不同时空不同表达。如果你比对的是基因组还好，如果比对的也是转录组那你做的是重测序，那比对不上就更正常了。

直接拿500个做个基因注释
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4楼2014-05-14 10:11:17
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