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qbailj

铁虫 (小有名气)

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[交流] 转录组测序发现的新基因

小虫做了一组玉米转录组数据的分析，通过与参照组比较，发现了500多个新的基因（就是比对到对照组中没有基因注释的区段）。我现在想把这些新基因整理一下，打算把它们BLAST一下，看一下在其他物种中的同源性。大家还有什么好的建议吗？衷心感谢。。

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1楼 2013-12-16 10:51:30

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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

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★
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第一：可能是拼接过程中产生的，拼接又不是没有误差，肯定会产生比对不了的unigene，可能就是你拼接过程产生的错误。
第二：就算是正确的，转录组测得是rna，rna是不同时空不同表达。如果你比对的是基因组还好，如果比对的也是转录组那你做的是重测序，那比对不上就更正常了。

直接拿500个做个基因注释