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qbailj

铁虫 (小有名气)


[交流] 转录组测序发现的新基因

小虫做了一组玉米转录组数据的分析,通过与参照组比较,发现了500多个新的基因(就是比对到对照组中没有基因注释的区段)。我现在想把这些新基因整理一下,打算把它们BLAST一下,看一下在其他物种中的同源性。大家还有什么好的建议吗?衷心感谢。。
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
第一:可能是拼接过程中产生的,拼接又不是没有误差,肯定会产生比对不了的unigene,可能就是你拼接过程产生的错误。
第二:就算是正确的,转录组测得是rna,rna是不同时空不同表达。如果你比对的是基因组还好,如果比对的也是转录组那你做的是重测序,那比对不上就更正常了。

直接拿500个做个基因注释
4楼2014-05-14 10:11:17
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清新百合3

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不知道你现在有没有解决这个问题 ,我现在也在做转录组方面的,也想对发现的新基因进行功能验证,如果你的问题已经解决了,请教一下你啊
2楼2014-03-06 10:27:06
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黑藻先生

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
最近也遇到一些类似问题
想问一下你们测序的时候用什么做的Assembly?
换句话说 是否是真的新基因 还是由于Assembly导致的一些错误结果?
3楼2014-05-13 22:46:49
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