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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序还是基因组测序？
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heexun

铜虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序还是基因组测序？

想看看两株菌的性能差异原因，请教以上两种测序哪个更有效。
补充下：菌株为酵母菌。

[ Last edited by heexun on 2013-3-10 at 02:23 ]
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1楼 2013-03-10 02:18:40
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lhs521521

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
heexun: 金币+1, ★有帮助 2013-03-10 20:56:32
个人觉得转录组更能体现两株菌的差异性！
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寻找真正的自我！
2楼2013-03-10 08:33:50
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
heexun: 金币+1, ★有帮助 2013-03-10 20:57:12
不清楚是啥“性能”，我胡乱举个例子：如果是在某种极端条件下，菌A还能保持高活力；菌B明显不行了。这样的的确适合转录组。最好来多几种情况下的实验组，再加上个对照组，每个组多几个平行样。数据分析一下，很好看，也容易发paper。
但是如果有条件，再补充测个基因组的resequencing，更好，能找些snp什么的，和转录组的数据放到一篇文章里，可以冲刺较高IF了
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3楼2013-03-10 14:44:48
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
补充一下，酵母的基因组很小，并且重测序要求的测序深度也较小，所以这个基因组搞起来，花费也很小的。
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4楼2013-03-10 14:45:54
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-03-10 14:44:48
不清楚是啥“性能”，我胡乱举个例子：如果是在某种极端条件下，菌A还能保持高活力；菌B明显不行了。这样的的确适合转录组。最好来多几种情况下的实验组，再加上个对照组，每个组多几个平行样。数据分析一下，很好看 ...

请问你有这个话题的相关文献吗？就是基因组测序结果与转录组测序结果联合分析的。

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5楼2017-06-30 22:28:32
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)
送红花一朵


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6楼2017-06-30 22:29:48
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)
抱歉，如果有能发一篇经典的给我吗？

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7楼2017-06-30 22:30:08
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