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heexun

铜虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序还是基因组测序?

想看看两株菌的性能差异原因,请教以上两种测序哪个更有效。
补充下:菌株为酵母菌。

[ Last edited by heexun on 2013-3-10 at 02:23 ]
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lhs521521

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
heexun: 金币+1, 有帮助 2013-03-10 20:56:32
个人觉得转录组更能体现两株菌的差异性!
寻找真正的自我!
2楼2013-03-10 08:33:50
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
heexun: 金币+1, 有帮助 2013-03-10 20:57:12
不清楚是啥“性能”,我胡乱举个例子:如果是在某种极端条件下,菌A还能保持高活力;菌B明显不行了。这样的的确适合转录组。最好来多几种情况下的实验组,再加上个对照组,每个组多几个平行样。数据分析一下,很好看,也容易发paper。
但是如果有条件,再补充测个基因组的resequencing,更好,能找些snp什么的,和转录组的数据放到一篇文章里,可以冲刺较高IF了
3楼2013-03-10 14:44:48
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

补充一下,酵母的基因组很小,并且重测序要求的测序深度也较小,所以这个基因组搞起来,花费也很小的。
4楼2013-03-10 14:45:54
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-03-10 14:44:48
不清楚是啥“性能”,我胡乱举个例子:如果是在某种极端条件下,菌A还能保持高活力;菌B明显不行了。这样的的确适合转录组。最好来多几种情况下的实验组,再加上个对照组,每个组多几个平行样。数据分析一下,很好看 ...

请问你有这个话题的相关文献吗?就是基因组测序结果与转录组测序结果联合分析的。

发自小木虫IOS客户端
5楼2017-06-30 22:28:32
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)

送红花一朵
6楼2017-06-30 22:29:48
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勤奋小男孩

新虫 (小有名气)

抱歉,如果有能发一篇经典的给我吗?

发自小木虫IOS客户端
7楼2017-06-30 22:30:08
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