24小时热门版块排行榜    

查看: 7439  |  回复: 15
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cekiv

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列? 已有4人参与

已有  某物种转录组测序结果, 某基因部分cDNA序列
希望获得该基因cDNA全部序列

本人菜鸟,求具体操作过程和工具,谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI上面BLAST就可以得到你想要的基因!
3楼2014-09-11 10:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cekiv(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:28:10
你的转录组数据没有做blast比对吗?如果有比对结果,直接可以找到你的基因。没有做比对的话,可以自己用已知的部分cDNA做为query序列,用你的转录组序列作为库,进行blastn搜索,很容易找到转录组中对应你基因的序列。
2楼2014-09-10 23:05:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把 某基因部分cDNA序列在NCBI上BLAST,会出来和它同源性很高的基因,100%的那个基因你点击,打开就能找到该基因以及序列了。
4楼2014-09-11 13:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

妖尾的小夏

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-10 23:05:50
你的转录组数据没有做blast比对吗?如果有比对结果,直接可以找到你的基因。没有做比对的话,可以自己用已知的部分cDNA做为query序列,用你的转录组序列作为库,进行blastn搜索,很容易找到转录组中对应你基因的序列 ...

我也是这种情况,有转录组cdna,但是我的是一个新物种,blast不出结果,而且筛选出来的目的基因序列不是以atg开头,我想要扩全长,不知道怎么办,求教~
5楼2015-10-08 00:08:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖? +8 CrisMessi 2026-08-18 9/450 2026-08-23 10:49 by 旋风马1987
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 07:41 by OEbVnUOu01ol
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见