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测转录组遇到的一个问题 求高手解答 已有1人参与
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最近在华大测了个转录组，基本所有东西都是分析好的 在看数据的时候遇到一个问题： 没有参考基因组，得到几万个unigene。现在用Nr数据库注释到的基因比如是n个，但是同时用Nr数据库预测CDS的时候，居然<n,这种情况怎么理解 我想的是基因注释做blast，unigene和NR库里的数据比对，哪怕不在CDS区也算是注释上？可能在非编码区比对上了也就算注释上了。 还有 我得到的cds序列不是从起始密码子开始，是不是转录组CDS预测不一定得到完整的cds 因为涉及到数据注释的一些问题了，也不太了解，求高手解答 |
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growlywolf
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【答案】应助回帖
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第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。 第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数据库中没有同源序列，但有RNA-Seq数据支持的也算unigene，注释可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打断后建立短片段测序文库，因此不一定能拼接出完整的转录本。另一方面，真实的cDNA也是有UTR的，不是从ATG开始。 |
2楼2014-05-06 11:44:14
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growlywolf
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