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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

[求助] 测转录组遇到的一个问题 求高手解答 已有1人参与

最近在华大测了个转录组，基本所有东西都是分析好的

在看数据的时候遇到一个问题：
没有参考基因组，得到几万个unigene。现在用Nr数据库注释到的基因比如是n个，但是同时用Nr数据库预测CDS的时候，居然<n,这种情况怎么理解
我想的是基因注释做blast，unigene和NR库里的数据比对，哪怕不在CDS区也算是注释上？可能在非编码区比对上了也就算注释上了。

还有  我得到的cds序列不是从起始密码子开始，是不是转录组CDS预测不一定得到完整的cds

因为涉及到数据注释的一些问题了，也不太了解，求高手解答
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1楼 2014-05-05 23:23:24
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
大爷给跪了(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。
第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数据库中没有同源序列，但有RNA-Seq数据支持的也算unigene，注释可能就是unknown protein.
第三，RNA-Seq是要把cDNA打断后建立短片段测序文库，因此不一定能拼接出完整的转录本。另一方面，真实的cDNA也是有UTR的，不是从ATG开始。
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2楼2014-05-06 11:44:14
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-06 11:44:14
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。
第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数 ...

十分感谢growlywolf，让我知道我不是单机版
你说的基本理解了。那你的意思是不是  那些unknown protein  可能就是得不到CDS的？
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3楼2014-05-06 16:57:09
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growlywolf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 大爷给跪了 at 2014-05-06 16:57:09
十分感谢growlywolf，让我知道我不是单机版
你说的基本理解了。那你的意思是不是  那些unknown protein  可能就是得不到CDS的？...

对，unknown protein就是在nr、pfam等各类数据库中都找不到同源序列的基因。
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4楼2014-05-07 09:29:44
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一叶_孤城

新虫 (初入文坛)
楼主，能不能把华大反馈给你的数据分享给我一份，最近可能也要做转录组，想了解一下。万分感谢
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5楼2015-09-29 18:32:18
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