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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 请问转录组测序中的index是什么意思,与adapter有什么区别? 已有1人参与

请问转录组测序中的index是什么意思,与adapter有什么区别?
我在看illumina的说明书时发现有很多关于index和adapter的说明,不明白二者有什么区别,好像index一般是很短的序列,而adapter是较长的序列。请问在trim时,对index和adapter分别应该怎样做呢?谢谢
这是illumina的说明书的一部分。

请问转录组测序中的index是什么意思,与adapter有什么区别?
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
seamas_gao1(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-04-14 10:24:21
seamas_gao1: 金币+27, ★★★★★最佳答案, 十分感谢 2014-04-18 08:36:56
adapter是接头,分为pcr扩增接头和测序接头,分别用于文库构建和测序的引物。
index是索引序列,为区分不同样本而构建。高通量测序一次一块板要加好多样品,如果你的样品少那单独测你的测序公司就亏了,因此把你的和别人的样品放到一起,分别加个index用以区分,测序结束后就可以根据index来分离单个样本了。
每天都为自己的无知而羞耻!
2楼2014-04-14 08:59:55
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuehedou at 2014-04-14 08:59:55
adapter是接头,分为pcr扩增接头和测序接头,分别用于文库构建和测序的引物。
index是索引序列,为区分不同样本而构建。高通量测序一次一块板要加好多样品,如果你的样品少那单独测你的测序公司就亏了,因此把你的 ...

那请问1.
1. clean reads的序列里面还有index和adapter 部分吗?
2. 做trim的时候是将index和adapter都剔除掉吗
3楼2014-04-15 07:53:30
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

其实LZ的问题完全可以发到illumina的技术支持邮箱问一下,最权威的回答
4楼2014-04-15 11:55:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-22 21:03:28
引用回帖:
3楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2014-04-15 07:53:30
那请问1.
1. clean reads的序列里面还有index和adapter 部分吗?
2. 做trim的时候是将index和adapter都剔除掉吗...

1. 一般的,clean reads里边是没有index和adapter的。
2. trim时是将这些去除的,像fastx-toolkit、cutadaper等工具。
每天都为自己的无知而羞耻!
5楼2014-04-17 21:53:13
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zzyzeus

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yuehedou at 2014-04-17 21:53:13
1. 一般的,clean reads里边是没有index和adapter的。
2. trim时是将这些去除的,像fastx-toolkit、cutadaper等工具。...

您好!
在使用fastx toolkit剔除adapter与index序列的时候可以直接把 adapter-index 的反义链作为参数来操作吗?
我的意思是,测序序列如果是index直接连着adapter,然后测出来的reads序列是原始序列的互补链,那么我是不是应该用原始序列:index-adapter的反义链来做fastx toolkit的参数?
谢谢指教
6楼2014-08-22 17:13:40
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yuehedou

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zzyzeus at 2014-08-22 17:13:40
您好!
在使用fastx toolkit剔除adapter与index序列的时候可以直接把 adapter-index 的反义链作为参数来操作吗?
我的意思是,测序序列如果是index直接连着adapter,然后测出来的reads序列是原始序列的互补链,那 ...

这个问题我还没仔细考虑过诶,你问问其他人,当时学到的是直接用adapter序列,就一直认为直接用其正义链,不知那些软件考虑到这个问题没,你可以研究一下和大家分享一下。
每天都为自己的无知而羞耻!
7楼2014-08-26 22:31:42
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