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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测转录组遇到的一个问题 求高手解答
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

[求助] 测转录组遇到的一个问题 求高手解答 已有1人参与

最近在华大测了个转录组，基本所有东西都是分析好的

在看数据的时候遇到一个问题：
没有参考基因组，得到几万个unigene。现在用Nr数据库注释到的基因比如是n个，但是同时用Nr数据库预测CDS的时候，居然<n,这种情况怎么理解
我想的是基因注释做blast，unigene和NR库里的数据比对，哪怕不在CDS区也算是注释上？可能在非编码区比对上了也就算注释上了。

还有  我得到的cds序列不是从起始密码子开始，是不是转录组CDS预测不一定得到完整的cds

因为涉及到数据注释的一些问题了，也不太了解，求高手解答
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1楼 2014-05-05 23:23:24
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-06 11:44:14
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。
第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数 ...

十分感谢growlywolf，让我知道我不是单机版
你说的基本理解了。那你的意思是不是  那些unknown protein  可能就是得不到CDS的？
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3楼2014-05-06 16:57:09
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