应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测转录组遇到的一个问题 求高手解答
51/1返回列表
查看: 2383  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

大爷给跪了

新虫 (小有名气)

[求助] 测转录组遇到的一个问题 求高手解答 已有1人参与

最近在华大测了个转录组，基本所有东西都是分析好的

在看数据的时候遇到一个问题：
没有参考基因组，得到几万个unigene。现在用Nr数据库注释到的基因比如是n个，但是同时用Nr数据库预测CDS的时候，居然<n,这种情况怎么理解
我想的是基因注释做blast，unigene和NR库里的数据比对，哪怕不在CDS区也算是注释上？可能在非编码区比对上了也就算注释上了。

还有  我得到的cds序列不是从起始密码子开始，是不是转录组CDS预测不一定得到完整的cds

因为涉及到数据注释的一些问题了，也不太了解，求高手解答
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-05 23:23:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大爷给跪了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by growlywolf at 2014-05-06 11:44:14
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。
第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数 ...

十分感谢growlywolf，让我知道我不是单机版
你说的基本理解了。那你的意思是不是  那些unknown protein  可能就是得不到CDS的？
赞一下 回复此楼
3楼2014-05-06 16:57:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
大爷给跪了(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。
第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数据库中没有同源序列，但有RNA-Seq数据支持的也算unigene，注释可能就是unknown protein.
第三，RNA-Seq是要把cDNA打断后建立短片段测序文库，因此不一定能拼接出完整的转录本。另一方面，真实的cDNA也是有UTR的，不是从ATG开始。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-05-06 11:44:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 大爷给跪了 at 2014-05-06 16:57:09
十分感谢growlywolf，让我知道我不是单机版
你说的基本理解了。那你的意思是不是  那些unknown protein  可能就是得不到CDS的？...

对，unknown protein就是在nr、pfam等各类数据库中都找不到同源序列的基因。
赞一下 回复此楼
4楼2014-05-07 09:29:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一叶_孤城

新虫 (初入文坛)
楼主，能不能把华大反馈给你的数据分享给我一份，最近可能也要做转录组，想了解一下。万分感谢
赞一下 回复此楼
5楼2015-09-29 18:32:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +7 zjl的号 2026-03-16 12/600 2026-03-17 18:22 by 重科小霸王
[考研] 301求调剂 +4 A_JiXing 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:32 by ruiyingmiao
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 274求调剂0856材料化工 +13 z2839474511 2026-03-11 14/700 2026-03-17 16:51 by share_joy
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 3/150 2026-03-17 15:24 by 哦哦123
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭