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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？
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cekiv

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？ 已有4人参与

已有  某物种转录组测序结果， 某基因部分cDNA序列
希望获得该基因cDNA全部序列

本人菜鸟，求具体操作过程和工具，谢谢
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1楼 2014-09-10 16:31:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cekiv(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:28:10
你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列。
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2楼2014-09-10 23:05:50
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妖尾的小夏

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-10 23:05:50
你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列 ...

我也是这种情况，有转录组cdna，但是我的是一个新物种，blast不出结果，而且筛选出来的目的基因序列不是以atg开头，我想要扩全长，不知道怎么办，求教～
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5楼2015-10-08 00:08:47
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心拼命的痛

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-09-10 23:05:50
你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列 ...

怎么确定转录组序列是不是全长？
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7楼2015-11-30 17:14:52
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普通回帖

huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI上面BLAST就可以得到你想要的基因！
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3楼2014-09-11 10:14:22
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把 某基因部分cDNA序列在NCBI上BLAST，会出来和它同源性很高的基因，100%的那个基因你点击，打开就能找到该基因以及序列了。
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4楼2014-09-11 13:51:24
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lym0410

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 妖尾的小夏 at 2015-10-08 00:08:47
我也是这种情况，有转录组cdna，但是我的是一个新物种，blast不出结果，而且筛选出来的目的基因序列不是以atg开头，我想要扩全长，不知道怎么办，求教～...

那要做race了

发自小木虫Android客户端
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学了十几年英语，还跟没学一样
6楼2015-10-08 07:57:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 心拼命的痛 at 2015-11-30 17:14:52
怎么确定转录组序列是不是全长？...

1.看有没有完整ORF
2.用找到的ORF翻译的蛋白做blastp比对，看你的蛋白和数据库蛋白比对区域区间是否一致
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8楼2015-11-30 19:54:17
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心拼命的痛

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-30 19:54:17
1.看有没有完整ORF
2.用找到的ORF翻译的蛋白做blastp比对，看你的蛋白和数据库蛋白比对区域区间是否一致...

那引物是根据ORF设计还是转录组拼接结果设计？
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9楼2015-12-01 17:01:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 心拼命的痛 at 2015-12-01 17:01:54
那引物是根据ORF设计还是转录组拼接结果设计？...

你找的ORF不就是从你转录组数据里截取的吗？
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10楼2015-12-02 00:50:41
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