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cekiv

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列? 已有4人参与

已有  某物种转录组测序结果, 某基因部分cDNA序列
希望获得该基因cDNA全部序列

本人菜鸟,求具体操作过程和工具,谢谢
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心拼命的痛

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-30 19:54:17
1.看有没有完整ORF
2.用找到的ORF翻译的蛋白做blastp比对,看你的蛋白和数据库蛋白比对区域区间是否一致...

那引物是根据ORF设计还是转录组拼接结果设计?
9楼2015-12-01 17:01:54
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查看全部 16 个回答

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
cekiv(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:28:10
你的转录组数据没有做blast比对吗?如果有比对结果,直接可以找到你的基因。没有做比对的话,可以自己用已知的部分cDNA做为query序列,用你的转录组序列作为库,进行blastn搜索,很容易找到转录组中对应你基因的序列。
2楼2014-09-10 23:05:50
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huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI上面BLAST就可以得到你想要的基因!
3楼2014-09-11 10:14:22
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把 某基因部分cDNA序列在NCBI上BLAST,会出来和它同源性很高的基因,100%的那个基因你点击,打开就能找到该基因以及序列了。
4楼2014-09-11 13:51:24
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