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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？
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心拼命的痛

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by stone2239 at 2015-12-02 00:50:41
你找的ORF不就是从你转录组数据里截取的吗？...

测序结果ORF两边还有两端
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11楼2015-12-03 09:28:44
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by 心拼命的痛 at 2015-12-03 09:28:44
测序结果ORF两边还有两端...

引物可以根据ORF直接设计，如果没有合适引物，也可以根据转录组数据往两边扩大设计范围。
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12楼2015-12-03 12:44:10
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LBXMC

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by stone2239 at 2015-11-30 19:54:17
1.看有没有完整ORF
2.用找到的ORF翻译的蛋白做blastp比对，看你的蛋白和数据库蛋白比对区域区间是否一致...

您好，求教！！！
我是这种情况，把确定要做基因X之后，在在我的转录组库里找了已经ANNOTATION到某具体物种的核酸序列，把它放到NCBIx比对，和一个别人已经发表的不同物种的蛋白比上了，但是请问我该怎么找到相对应的保守序列来设计引物做RACE呢（前提是我库里找到的序列已经找过ORF区，但是非常短，应该不是）
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Nothing is impossible!
13楼2018-12-22 00:02:16
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梦与命

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

您好  我用转录组数据中注释到某个基因的cDNA去找开放阅读框，选择翻译出来最长氨基酸的那段序列再去Blastp。发现跟别的菌编码该基因的序列有高度相似性，这是否能说明我找到的这个开放阅读框的序列是我想要的这个基因的cDNA呢？
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14楼2019-09-22 00:09:14
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匿名

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15楼2020-03-07 19:18:08
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匿名

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16楼2020-03-07 19:22:17
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