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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？
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cekiv

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何从转录组测序结果中获取一个基因的序列？ 已有4人参与

已有  某物种转录组测序结果， 某基因部分cDNA序列
希望获得该基因cDNA全部序列

本人菜鸟，求具体操作过程和工具，谢谢
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1楼 2014-09-10 16:31:32
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梦与命

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

您好  我用转录组数据中注释到某个基因的cDNA去找开放阅读框，选择翻译出来最长氨基酸的那段序列再去Blastp。发现跟别的菌编码该基因的序列有高度相似性，这是否能说明我找到的这个开放阅读框的序列是我想要的这个基因的cDNA呢？
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14楼2019-09-22 00:09:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cekiv(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-09-11 09:28:10
你的转录组数据没有做blast比对吗？如果有比对结果，直接可以找到你的基因。没有做比对的话，可以自己用已知的部分cDNA做为query序列，用你的转录组序列作为库，进行blastn搜索，很容易找到转录组中对应你基因的序列。
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2楼2014-09-10 23:05:50
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huyan0817

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI上面BLAST就可以得到你想要的基因！
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3楼2014-09-11 10:14:22
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把 某基因部分cDNA序列在NCBI上BLAST，会出来和它同源性很高的基因，100%的那个基因你点击，打开就能找到该基因以及序列了。
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4楼2014-09-11 13:51:24
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