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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。
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feiye2214

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。

是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染色体步移几次，应该能搞到上游10kb吧，就可以把启动子区域囊括进去了，问题来了，怎么确定从哪到哪是启动子序列？

听说有软件能预测分析启动子序列？真的有么？准确性如何？

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-26 at 22:51 ]
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1楼 2010-12-26 20:36:24
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leo0078968

银虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by magy2006 at 2010-12-27 10:04:11:
你先把完整的CDNA区域拿到，然后，可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域，能获得这么长基本上就差不多了，然后通过软件分析，就可以知道那是启动子区域，那是UTR区域，给你两个网站，对分析启动子有用的：[u ...

 首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录;

   接着看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html

其中给出了查找启动子的一般步骤，并且列出了所要用到的工具，兴奋！

   第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即 110778899-110997788；

   第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/

该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；

   第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！

当然，查找过程还有很多地方值得探讨，so请大家指正！

http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/

http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
我也是初学哈，希望共同进步！
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15楼2011-01-09 21:35:28
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by feiye2214 at 2010-12-26 20:36:24:
是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染 ...

给自己顶下啦
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2楼2010-12-26 22:52:18
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dhd997

荣誉版主 (文坛精英)
帮你高亮一下，希望尽快有人答复你
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3楼2010-12-27 08:46:04
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zhangjin2010

木虫 (著名写手)
不知道哦！祝福你了！
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4楼2010-12-27 09:00:19
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trc9527

新虫 (小有名气)
有相关软件可以预测的
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5楼2010-12-27 09:22:48
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by trc9527 at 2010-12-27 09:22:48:
有相关软件可以预测的

再多给我点指示吧
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6楼2010-12-27 10:04:05
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magy2006

木虫 (著名写手)
feiye2214(金币+30): 2010-12-27 20:21:55
你先把完整的CDNA区域拿到，然后，可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域，能获得这么长基本上就差不多了，然后通过软件分析，就可以知道那是启动子区域，那是UTR区域，给你两个网站，对分析启动子有用的：http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
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7楼2010-12-27 10:04:11
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by magy2006 at 2010-12-27 10:04:11:
你先把完整的CDNA区域拿到，然后，可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域，能获得这么长基本上就差不多了，然后通过软件分析，就可以知道那是启动子区域，那是UTR区域，给你两个网站，对分析启动子有用的：[u ...

高手，谢谢你
在线预测不能精确到每个碱基，是不是还需要自己通过其他方式协助，才能搞定所有的碱基哈？
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8楼2010-12-27 10:46:59
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feiye2214

木虫 (正式写手)
还有20个金币，大伙再给我点建议呗
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9楼2010-12-27 20:22:45
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lulu1986

捐助贵宾 (小有名气)
看相关文献吧！很有用的。
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10楼2010-12-27 21:28:11
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weiminhb

铁虫 (小有名气)
我也迷惑中，拿到一段序列，是当成启动子的，BLAST后结果是这样的：cytochrome cd1 nitrite reductase precursor，
precursor是前体的意思，是不是启动子呢？
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11楼2010-12-27 21:30:01
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by weiminhb at 2010-12-27 21:30:01:
我也迷惑中，拿到一段序列，是当成启动子的，BLAST后结果是这样的：cytochrome cd1 nitrite reductase precursor，
precursor是前体的意思，是不是启动子呢？

前体不是启动子哦，
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12楼2010-12-27 22:35:59
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haitian0625

金虫 (小有名气)
相关很多研究所的生物信息中心，有可以做，我们以前是拿给别人帮忙做的。
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13楼2010-12-28 09:03:42
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magy2006

木虫 (著名写手)
feiye2214(金币+20): 2010-12-28 09:34:24
据我有限的知识，启动子区域的研究不是以碱基为单位的，而是以“区段”为单位的，哪些区段起核心作用，哪些起一般作用，哪些可有可无是一般研究的问题所在。所以没必要追究“从几号碱基到几号碱基是启动子范围“，你先把5K左右的区段获得，然后通过软件分析，把不同的区段构建载体，看看其启动表达能力就可以了……
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14楼2010-12-28 09:14:46
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geneqiang

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
PLANTCARE可以预测的
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16楼2012-02-19 21:06:31
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行者，有路

新虫 (初入文坛)
希望高手来解答
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17楼2012-11-05 00:08:40
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jiangwin

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by leo0078968 at 2011-01-09 21:35:28
 首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录;

   接着看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好 ...

启动子不是在转录起始位点前面的吗？怎么是在翻译过程啊？
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18楼2017-12-10 10:57:56
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