| 查看: 3416 | 回复: 17 | ||||
[交流]
【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。
|
||||
|
是不是有软件能预测分析启动子序列？ 我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染色体步移几次，应该能搞到上游10kb吧，就可以把启动子区域囊括进去了，问题来了，怎么确定从哪到哪是启动子序列？ 听说有软件能预测分析启动子序列？真的有么？准确性如何？ [ Last edited by feiye2214 on 2010-12-26 at 22:51 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子生化实验经验积累 |
» 猜你喜欢
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有212人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有7人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂
已经有6人回复
-
化工申博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 粉末颗粒粒度低于-325目的粒度测试方法有哪些？用什么设备？希望大家帮帮你忙
已经有6人回复
- WPS2012专业增强版+序列号含VBA数据透视表图表模板等
已经有129人回复
- 过水断面面积 水环境流量 最小生态环境流量确定问题 求解惑 急！
已经有8人回复
- 重大问题，有谁知道pMD18-t等Amp+抗性载体中AmpR的启动子序列是什么？
已经有3人回复
- 如何确定启动子
已经有16人回复
- 求大肠杆菌 lpp（脂蛋白）启动子的序列~ 谢谢~~~~~在线等
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于分离启动子序列
已经有8人回复
- 【求助/交流】怎么查找已知名字的启动子序列？
已经有6人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
河北大学分析化学招收多名调剂考生
+3/125
-
河北大学招收生物与医药专业调剂考生
+3/113
-
招化学相关专业硕士调剂生
+1/89
-
江苏大学，环境科学/环境工程专业，调剂
+1/86
-
广东工业大学-木质纤维素高值化利用团队招博士研究生
+1/86
-
扬州大学动物科学与技术学院李碧春教授课题组硕士研究生调剂招生 招生专业： 畜牧学
+1/46
-
大连工业大学 高分子材料 接收考研调剂
+1/36
-
上海工程技术大学亚稳材料课题组招收硕士研究生
+2/34
-
中南林业科技大学材料“科学与工程硕士点（学硕）”贺梦冬课题组招收调剂生
+1/23
-
岭南师范学院生物与医药专业（生物技术与工程领域）2026年调剂公告
+1/23
-
西安工程大学能源化工新材料研发项目组接收2026年计算机类调剂研究生
+1/13
-
福建农林大学生物质能源与材料研究中心调剂（08工科，考数学的来）
+1/8
-
就业好-广东唯一石化院校——资源与环境专硕招生
+1/8
-
齐齐哈尔大学李莉课题组诚招2026级考研调剂生（学硕和专硕）
+1/8
-
齐齐哈尔大学李莉课题组诚招2026级考研调剂生（学硕和专硕）
+1/8
-
【博士招生】天津理工大学国家杰青王铁课题组招收2026年博士研究生
+1/7
-
渤海大学材料与环境工程学院发光及透明陶瓷材料、地聚物吸波混凝土方向接收研究生调剂
+1/5
-
哈尔滨工程大学动力学院赵建辉团队招收2026博士研究生
+1/3
-
天津工业大学双一流高校招博士、调剂硕士、博士后
+1/1
-
[调剂信息] 苏州科技大学化学与生命科学学院招生调剂（不限专业，需要考数学）
+1/1
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter，返回15条记录; 接着看看有没有数据库可以直接给出启动子序列的，很幸运竟然发现一个极好的启动子搜索讲义网站，如下，http://inn.org.il/workshops/bgu/promoterworkshop.html 其中给出了查找启动子的一般步骤，并且列出了所要用到的工具，兴奋！ 第一步就是要找到基因确定基因所在基因组区域，其中列出很多网站，不过偶还是习惯genbank，在gene栏中search某个基因，不要搞错基因种属！进入后即可看到该基因的详细条目，别眼花，就点击右侧link栏的Map viewer链接，进入即可看到该基因在染色体上的形象定位，鼠标悬停在基因的起始位点时，即可在浏览器下方的状态栏中显示该位点在染色体上的明确定位，比如110997788，结合给出的基因跨度，比如110778899-117708899，即可大概确定该启动子在基因组中的大概定位，即 110778899-110997788； 第二步搞清楚基因组状态，我没搞太清楚，不过其中给的一个链接来查出启动子所在克隆（查出克隆号可以购买）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/ 该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist； 第三步搜索启动子，其中可以用启动子数据库和启动子预测软件，当然如果启动子数据库中有最好，但很失望给出的数据库均不能查到！只好用启动子预测软件，使用了几个在线预测工具后觉得下面这个速度贼快，推荐http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢？我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highly likely prediction，那么怎么定位呢？利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！ 当然，查找过程还有很多地方值得探讨，so请大家指正！ http://bip.weizmann.ac.il/toolbo ... ters.html#databases http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/ http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/ http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/ 我也是初学哈，希望共同进步！ |
15楼2011-01-09 21:35:28
2楼2010-12-26 22:52:18
3楼2010-12-27 08:46:04
4楼2010-12-27 09:00:19
5楼2010-12-27 09:22:48
6楼2010-12-27 10:04:05
feiye2214(金币+30): 2010-12-27 20:21:55
|
你先把完整的CDNA区域拿到，然后，可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域，能获得这么长基本上就差不多了，然后通过软件分析，就可以知道那是启动子区域，那是UTR区域，给你两个网站，对分析启动子有用的：http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ |
7楼2010-12-27 10:04:11
高手，谢谢你8楼2010-12-27 10:46:59
9楼2010-12-27 20:22:45
10楼2010-12-27 21:28:11
11楼2010-12-27 21:30:01
12楼2010-12-27 22:35:59
13楼2010-12-28 09:03:42
14楼2010-12-28 09:14:46
16楼2012-02-19 21:06:31
17楼2012-11-05 00:08:40
18楼2017-12-10 10:57:56
