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feiye2214

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。

是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染色体步移几次，应该能搞到上游10kb吧，就可以把启动子区域囊括进去了，问题来了，怎么确定从哪到哪是启动子序列？

听说有软件能预测分析启动子序列？真的有么？准确性如何？

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-26 at 22:51 ]

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1楼 2010-12-26 20:36:24

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magy2006

木虫 (著名写手)

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feiye2214(金币+20): 2010-12-28 09:34:24

据我有限的知识，启动子区域的研究不是以碱基为单位的，而是以“区段”为单位的，哪些区段起核心作用，哪些起一般作用，哪些可有可无是一般研究的问题所在。所以没必要追究“从几号碱基到几号碱基是启动子范围“，你先把5K左右的区段获得，然后通过软件分析，把不同的区段构建载体，看看其启动表达能力就可以了……

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14楼2010-12-28 09:14:46

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feiye2214

木虫 (正式写手)

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Originally posted by feiye2214 at 2010-12-26 20:36:24:
是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染 ...

给自己顶下啦