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feiye2214

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑,望解惑。

是不是有软件能预测分析启动子序列?

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了,BLAST之后同源性还是很好的(94%),我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段(cDNA不是首要任务),有Genome Walking Kit,染色体步移几次,应该能搞到上游10kb吧,就可以把启动子区域囊括进去了,问题来了,怎么确定从哪到哪是启动子序列?

听说有软件能预测分析启动子序列?真的有么?准确性如何?

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-26 at 22:51 ]
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magy2006

木虫 (著名写手)


feiye2214(金币+30): 2010-12-27 20:21:55
你先把完整的CDNA区域拿到,然后,可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域,能获得这么长基本上就差不多了,然后通过软件分析,就可以知道那是启动子区域,那是UTR区域,给你两个网站,对分析启动子有用的:http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
7楼2010-12-27 10:04:11
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magy2006

木虫 (著名写手)


feiye2214(金币+20): 2010-12-28 09:34:24
据我有限的知识,启动子区域的研究不是以碱基为单位的,而是以“区段”为单位的,哪些区段起核心作用,哪些起一般作用,哪些可有可无是一般研究的问题所在。所以没必要追究“从几号碱基到几号碱基是启动子范围“,你先把5K左右的区段获得,然后通过软件分析,把不同的区段构建载体,看看其启动表达能力就可以了……
14楼2010-12-28 09:14:46
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