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feiye2214

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助/交流】小弟对启动子序列的确定有惑，望解惑。

是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染色体步移几次，应该能搞到上游10kb吧，就可以把启动子区域囊括进去了，问题来了，怎么确定从哪到哪是启动子序列？

听说有软件能预测分析启动子序列？真的有么？准确性如何？

[ Last edited by feiye2214 on 2010-12-26 at 22:51 ]

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1楼 2010-12-26 20:36:24

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magy2006

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feiye2214(金币+30): 2010-12-27 20:21:55

你先把完整的CDNA区域拿到，然后，可以通过试剂盒取得5K以上区域的启动子区域，能获得这么长基本上就差不多了，然后通过软件分析，就可以知道那是启动子区域，那是UTR区域，给你两个网站，对分析启动子有用的：http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

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7楼2010-12-27 10:04:11

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feiye2214

木虫 (正式写手)

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Originally posted by feiye2214 at 2010-12-26 20:36:24:
是不是有软件能预测分析启动子序列？

我现在已经P出来了一段800bp的基因序列了，BLAST之后同源性还是很好的（94%），我最紧迫的任务是克隆这个基因的启动子片段（cDNA不是首要任务），有Genome Walking Kit，染 ...

给自己顶下啦