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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于本地blast的问题
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numb123

新虫 (小有名气)

[求助] 关于本地blast的问题 已有2人参与

求大神指导！我是用的单机版blast，输出的txt文本只有1KB且没有有用信息。不知道为什么会出现这样的情况。
具体步骤如下：
我下载了blast-2.2.26-ia32-win32，下了nr数据库，并把nr和我要测的序列复制到了bin文件夹中，把我要测序的序列命名为seqin，分别去掉了扩展名。
在cmd中，到了bin，进行fromatdb -i nr -p F，又输入blastall -p blastn -i seqin.txt -d nr -e 0.0000000001 -o seqout.txt，可是最后输出的txt都只有1KB，且没有有用信息。
本人接触blast没几天，上面的步骤都是我根据各种教材拼拼凑凑来的，我还属于一窍不通状态，不知道上面过程哪里出错了，如果整体不对望给出详细过程～～谢谢啦！

[ Last edited by numb123 on 2014-7-18 at 21:17 ]
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1楼 2014-07-17 09:04:17
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-21 08:25:04
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/

nr你是怎么下载的？有没有用update_blastdb？用了的话，那nr就可以直接用，不用formatdb。
你还是仔细看看文档再说
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2楼2014-07-20 07:17:16
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79377

新虫 (初入文坛)
你的nr库里有没有数据啊？我有一次更新nr库的时候中途中断了，然后也比不出来

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-07-20 08:13:11
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steler_ly

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-21 08:25:08
应该是nr数据库有问题。可以重新下载该数据库，一定要下载全部的压缩包。
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4楼2014-07-21 06:39:17
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