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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请教一个生物信息学BLAST问题。
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词行者

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教一个生物信息学BLAST问题。 已有6人参与

是这样的，我有一个的全基因组测序序列，想从中间找与凋亡有关的基因。我想用人的凋亡基因和这些序列进行BLAST，找相似性高的做。直接在NCBI上BLAST没有找到我的这个物种的结果，因为做我这个物种的太少了。

    请问我是否应该建个本地BLAST数据库，可是我不会本地BLAST啊，有没有这方面的书推荐啊，谢谢。
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1楼 2014-06-29 20:05:16
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流！ 2014-06-30 20:24:39
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762/
去看官方的帮助文档，已经写的很清楚了。百度文库里面，有些中文资料，也可以搜一搜作参考。
学会看文档是必须的，很多生物信息学工具都提供了完备的文档。
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2楼2014-06-29 21:01:36
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 应助指数+1, 鼓励回帖交流！ 2014-06-30 20:24:45
到NCBI的主页下载单机版的Blast（local blast），里头配有使用说明，网上也有不少中文的使用经验介绍。单机的blast特别适合你所描述的情况。
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3楼2014-06-30 08:50:25
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-06-30 20:24:54
没看懂，非要blast吗，直接用目的片段在你的全序列做一个简单的alignment不就找到你全序列中所要序列的location了吗？
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我愿天下人：人人得以智慧之光，去开启生命之真谛
4楼2014-06-30 11:16:37
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平凡乌托邦

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ncbi上有单机版的，可以百度windows下本地blast，有相关说明！

[ 发自小木虫客户端 ]
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理想很丰满，现实很骨感
5楼2014-06-30 11:34:22
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55liuyan

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你可以把这个物种已经提交在NCBI上的EST和GSS下载下来，即就是建库，然后进行本地比对
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每日三省吾身，平静，定气
6楼2014-06-30 12:09:24
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guxinhan123

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本地blast不难的，网上的教程比着做就行了，要用到一些DOS程序
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7楼2014-06-30 16:31:17
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词行者

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by BioChen at 2014-06-29 21:01:36
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762/
去看官方的帮助文档，已经写的很清楚了。百度文库里面，有些中文资料，也可以搜一搜作参考。
学会看文档是必须的，很多生物信息学工具都提供了完备的文档。...

非常感谢，我没找到这个文档，但是现在找到并看过了。
现在终于有结果了，但是结果很多，一下子看不懂，还希望多多指教。
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8楼2014-07-01 03:06:40
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dansanlili

新虫 (初入文坛)
NCBI的BLAST可以限制物种搜索
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9楼2014-07-01 15:28:09
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