24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2116  |  回复: 13
本帖产生 1 个 MolEPI ,点击这里进行查看

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物菌种序列对比 已有4人参与

急求: 本人现有一株微生物16rS DAN序列,需要做发育树,但是本人对生物信息学一点也不懂,这些天试着学习了下做发育树,但是从NCBI里比对出来的序列,下载同源序列成txt版本后,DAN序列为(ccttggccggaggcttaaccatgcagtcgaacggtctcttc)这样,而我的要分析的菌株序列为(GGTCGCCTGCCTCCTTGC)这样去做发育树做不出来啊,请大牛帮忙,如果能帮我做出发育树,就更感谢啦,我的目的序列在附件中
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

及时分享,及时学习
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+5, MolEPI+1, 权威答案 2014-05-12 08:14:15
1. 找同源的序列: BLAST
2. 生成alignment:clustalx
2.5 (可选) refine alignment: 就是只保留你感兴趣的那部分序列 bioedit
3. 生成进化树: PAUP, MEGA, clustalx 等
4楼2014-05-09 19:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-09 14:57:15
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS:是DNA,不是DAN啦
2楼2014-05-09 13:23:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:23:07
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS:是DNA,不是DAN啦

只用两个序列就够了吗?不用其他比对的同源序列吗?
及时分享,及时学习
3楼2014-05-09 16:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶梁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-09 16:36:31
只用两个序列就够了吗?不用其他比对的同源序列吗?...

你不是只有一株目的序列吗?再找一个同源性最高的序列
5楼2014-05-10 13:45:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-10 13:45:15
你不是只有一株目的序列吗?再找一个同源性最高的序列...

首先要谢谢你的回答,不过我还是有个不明白的地方:只找一个同源序列最高的就可以了吗?我看其他的说要找好几个同源序列高的和同源性不太高的具有代表性的菌株才可以啊?谢谢了
及时分享,及时学习
6楼2014-05-11 14:01:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶梁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-11 14:01:57
首先要谢谢你的回答,不过我还是有个不明白的地方:只找一个同源序列最高的就可以了吗?我看其他的说要找好几个同源序列高的和同源性不太高的具有代表性的菌株才可以啊?谢谢了...

哦,这个我也不大清楚哎,你可以问问你导师。我当时是很多序列,所以每条序列只找了与其同源性最高的一条而已。
7楼2014-05-12 12:23:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你比较一下同源性较高的菌株,看看文章上有没有别人做的进化树,你可以参考人家的做法。
8楼2014-05-12 12:29:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-12 12:23:20
哦,这个我也不大清楚哎,你可以问问你导师。我当时是很多序列,所以每条序列只找了与其同源性最高的一条而已。...

奥,好的,谢谢啊
及时分享,及时学习
9楼2014-05-12 14:30:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2014-05-12 12:29:58
你比较一下同源性较高的菌株,看看文章上有没有别人做的进化树,你可以参考人家的做法。

奥,好的,谢谢了
及时分享,及时学习
10楼2014-05-12 14:32:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangjhsl 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 281求调剂 +9 觉得好的吧 2026-04-10 9/450 2026-04-10 22:16 by 猪会飞
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +16 努力奋斗112 2026-04-06 19/950 2026-04-10 21:20 by zhouxiaoyu
[考研] 303求调剂 +7 SereinQ 2026-04-10 8/400 2026-04-10 21:08 by gong120082
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 314求调剂 +23 wakeluofu 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 15:31 by MOF_Catal
[考研] 调剂 +19 不逢春 2026-04-05 20/1000 2026-04-10 10:15 by may_新宇
[考研] 生物与医药273求调剂 +18 荔题南墙 2026-04-05 19/950 2026-04-10 08:14 by kangsm
[考研] 初试分332,一志愿报考西北工业大学, +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 269电子信息求调剂,可转专业 +9 独酌wl 2026-04-06 9/450 2026-04-09 20:55 by laoshidan
[考研] 计算机11408,286分求调剂 +9 木子念晞 2026-04-05 9/450 2026-04-09 20:04 by vgtyfty
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-09 10/500 2026-04-09 20:01 by Orcid
[考研] 0703化学调剂325分 +13 15771691647 2026-04-04 15/750 2026-04-09 16:55 by 15771691647
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 085404,334分,求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 一志愿211,0703化学305分求调剂 +20 严西西戏 2026-04-06 26/1300 2026-04-08 22:12 by 凯凯要变帅
[考研] 285求调剂 +12 AZMK 2026-04-05 18/900 2026-04-08 20:43 by 逆水乘风
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +12 zyx上岸! 2026-04-04 12/600 2026-04-07 02:09 by BruceLiu320
[考研] 307求调剂 +3 所念及所望 2026-04-06 3/150 2026-04-06 17:30 by 土木硕士招生
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
信息提示
请填处理意见