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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 微生物菌种序列对比
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物菌种序列对比已有4人参与

急求： 本人现有一株微生物16rS DAN序列，需要做发育树，但是本人对生物信息学一点也不懂，这些天试着学习了下做发育树，但是从NCBI里比对出来的序列，下载同源序列成txt版本后，DAN序列为（ccttggccggaggcttaaccatgcagtcgaacggtctcttc）这样，而我的要分析的菌株序列为（GGTCGCCTGCCTCCTTGC）这样去做发育树做不出来啊，请大牛帮忙，如果能帮我做出发育树，就更感谢啦，我的目的序列在附件中
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1楼2014-05-09 09:56:12
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回帖置顶 ( 共有1个 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, MolEPI+1, 权威答案 2014-05-12 08:14:15
1. 找同源的序列： BLAST
2. 生成alignment：clustalx
2.5 （可选） refine alignment： 就是只保留你感兴趣的那部分序列 bioedit
3. 生成进化树： PAUP， MEGA， clustalx 等
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4楼2014-05-09 19:53:45
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-09 14:57:15
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦
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2楼2014-05-09 13:23:07
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:23:07
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦

只用两个序列就够了吗？不用其他比对的同源序列吗？
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3楼2014-05-09 16:36:31
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晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-09 16:36:31
只用两个序列就够了吗？不用其他比对的同源序列吗？...

你不是只有一株目的序列吗？再找一个同源性最高的序列
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5楼2014-05-10 13:45:15
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-10 13:45:15
你不是只有一株目的序列吗？再找一个同源性最高的序列...

首先要谢谢你的回答，不过我还是有个不明白的地方：只找一个同源序列最高的就可以了吗？我看其他的说要找好几个同源序列高的和同源性不太高的具有代表性的菌株才可以啊？谢谢了
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6楼2014-05-11 14:01:57
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晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-11 14:01:57
首先要谢谢你的回答，不过我还是有个不明白的地方：只找一个同源序列最高的就可以了吗？我看其他的说要找好几个同源序列高的和同源性不太高的具有代表性的菌株才可以啊？谢谢了...

哦，这个我也不大清楚哎，你可以问问你导师。我当时是很多序列，所以每条序列只找了与其同源性最高的一条而已。
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7楼2014-05-12 12:23:20
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你比较一下同源性较高的菌株，看看文章上有没有别人做的进化树，你可以参考人家的做法。
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8楼2014-05-12 12:29:58
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-12 12:23:20
哦，这个我也不大清楚哎，你可以问问你导师。我当时是很多序列，所以每条序列只找了与其同源性最高的一条而已。...

奥，好的，谢谢啊
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9楼2014-05-12 14:30:53
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2014-05-12 12:29:58
你比较一下同源性较高的菌株，看看文章上有没有别人做的进化树，你可以参考人家的做法。

奥，好的，谢谢了
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10楼2014-05-12 14:32:10
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