应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 微生物菌种序列对比
51/1返回列表
查看: 2477  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 MolEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物菌种序列对比 已有4人参与

急求： 本人现有一株微生物16rS DAN序列，需要做发育树，但是本人对生物信息学一点也不懂，这些天试着学习了下做发育树，但是从NCBI里比对出来的序列，下载同源序列成txt版本后，DAN序列为（ccttggccggaggcttaaccatgcagtcgaacggtctcttc）这样，而我的要分析的菌株序列为（GGTCGCCTGCCTCCTTGC）这样去做发育树做不出来啊，请大牛帮忙，如果能帮我做出发育树，就更感谢啦，我的目的序列在附件中
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
及时分享，及时学习
1楼 2014-05-09 09:56:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-11 14:01:57
首先要谢谢你的回答，不过我还是有个不明白的地方：只找一个同源序列最高的就可以了吗？我看其他的说要找好几个同源序列高的和同源性不太高的具有代表性的菌株才可以啊？谢谢了...

哦，这个我也不大清楚哎，你可以问问你导师。我当时是很多序列，所以每条序列只找了与其同源性最高的一条而已。
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-12 12:23:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-09 14:57:15
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-09 13:23:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:23:07
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦

只用两个序列就够了吗？不用其他比对的同源序列吗？
赞一下 回复此楼
及时分享，及时学习
3楼2014-05-09 16:36:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, MolEPI+1, 权威答案 2014-05-12 08:14:15
1. 找同源的序列： BLAST
2. 生成alignment：clustalx
2.5 （可选） refine alignment： 就是只保留你感兴趣的那部分序列 bioedit
3. 生成进化树： PAUP， MEGA， clustalx 等
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2014-05-09 19:53:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-11-01 6/300 2026-11-02 09:57 by dcc2yOIRGGTT
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 YXM1FDCSE8Bn 2026-10-31 6/300 2026-11-02 09:36 by dcc2yOIRGGTT
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 7/350 2026-11-02 09:29 by dcc2yOIRGGTT
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-02 06:13 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 10/500 2026-11-02 06:00 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 11/550 2026-11-02 06:00 by xzcv0Tehd8lQ
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-02 05:47 by xzcv0Tehd8lQ
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 27/1350 2026-11-02 05:28 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 9/450 2026-11-02 03:05 by xzcv0Tehd8lQ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 16/800 2026-11-02 02:34 by xzcv0Tehd8lQ
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:27 by xzcv0Tehd8lQ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 hKe7U1kad5Sg 2026-10-31 5/250 2026-11-01 22:24 by xzcv0Tehd8lQ
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 7/350 2026-11-01 22:01 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 8/400 2026-11-01 21:35 by xzcv0Tehd8lQ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 15/750 2026-11-01 16:52 by BCdvBAEpt3zm
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 14:48 by BCdvBAEpt3zm
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 12:40 by BCdvBAEpt3zm
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 12:38 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 17/850 2026-11-01 12:24 by BCdvBAEpt3zm
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 13/650 2026-11-01 12:14 by BCdvBAEpt3zm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭