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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物菌种序列对比 已有4人参与

急求: 本人现有一株微生物16rS DAN序列,需要做发育树,但是本人对生物信息学一点也不懂,这些天试着学习了下做发育树,但是从NCBI里比对出来的序列,下载同源序列成txt版本后,DAN序列为(ccttggccggaggcttaaccatgcagtcgaacggtctcttc)这样,而我的要分析的菌株序列为(GGTCGCCTGCCTCCTTGC)这样去做发育树做不出来啊,请大牛帮忙,如果能帮我做出发育树,就更感谢啦,我的目的序列在附件中
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+5, MolEPI+1, 权威答案 2014-05-12 08:14:15
1. 找同源的序列: BLAST
2. 生成alignment:clustalx
2.5 (可选) refine alignment: 就是只保留你感兴趣的那部分序列 bioedit
3. 生成进化树: PAUP, MEGA, clustalx 等
4楼2014-05-09 19:53:45
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-09 14:57:15
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS:是DNA,不是DAN啦
2楼2014-05-09 13:23:07
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:23:07
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS:是DNA,不是DAN啦

只用两个序列就够了吗?不用其他比对的同源序列吗?
及时分享,及时学习
3楼2014-05-09 16:36:31
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-09 16:36:31
只用两个序列就够了吗?不用其他比对的同源序列吗?...

你不是只有一株目的序列吗?再找一个同源性最高的序列
5楼2014-05-10 13:45:15
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