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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 微生物菌种序列对比
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 微生物菌种序列对比 已有4人参与

急求： 本人现有一株微生物16rS DAN序列，需要做发育树，但是本人对生物信息学一点也不懂，这些天试着学习了下做发育树，但是从NCBI里比对出来的序列，下载同源序列成txt版本后，DAN序列为（ccttggccggaggcttaaccatgcagtcgaacggtctcttc）这样，而我的要分析的菌株序列为（GGTCGCCTGCCTCCTTGC）这样去做发育树做不出来啊，请大牛帮忙，如果能帮我做出发育树，就更感谢啦，我的目的序列在附件中
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1楼 2014-05-09 09:56:12
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你比较一下同源性较高的菌株，看看文章上有没有别人做的进化树，你可以参考人家的做法。
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8楼2014-05-12 12:29:58
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-09 14:57:15
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦
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2楼2014-05-09 13:23:07
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-05-09 13:23:07
可以用MEGA这个软件做。把两个序列导入就可以。我之前有在哪写过具体步骤的忘记了。你可以上网查查。
PS：是DNA，不是DAN啦

只用两个序列就够了吗？不用其他比对的同源序列吗？
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3楼2014-05-09 16:36:31
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+5, MolEPI+1, 权威答案 2014-05-12 08:14:15
1. 找同源的序列： BLAST
2. 生成alignment：clustalx
2.5 （可选） refine alignment： 就是只保留你感兴趣的那部分序列 bioedit
3. 生成进化树： PAUP， MEGA， clustalx 等
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4楼2014-05-09 19:53:45
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