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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何使用blast建立本地数据库（我下了很多fasta文件存放在一个文件夹里）
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ldy2140

金虫 (小有名气)

[求助] 如何使用blast建立本地数据库（我下了很多fasta文件存放在一个文件夹里）

在HMP数据库里下了很多菌株的序列 想找一种酶的同源基因
用blast2.2.26+时首先要makeblastdb 一般-in 后指向的是一个文件的路径 但我现在有很多fasta文件存放在一个文件夹里（因为下载的时候是分开在NCBI里下的）
所以我是不是要把这1.5GB的文件合并到一个fasta中再blast 还是有更好的方法直接使用文件夹的路径就可以建立本地数据库了呢

[ Last edited by ldy2140 on 2012-6-5 at 10:33 ]
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伸手摘星，未必你如愿，但不会弄脏你的手。
1楼 2012-06-05 10:32:21
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lsss

木虫 (正式写手)

121-水手

【答案】应助回帖

建立文件夹的方法肯定是没有的，如果你说的菌株序列如果不是很多的话，可以一个个建数据库，至少很清晰；如果你要觉得一个个太麻烦就把这些fasta文件用cat命令合成一个，cat 1.fasta 2.fasta ....>db.fasta,
如果是我，肯定选后一种方法。
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昔日寒山问拾得曰：世间谤我、欺我、辱我、笑我、轻我、贱我、恶我、骗我、如何处治乎？拾得云：只是忍他、让他、由他、避他、耐他、敬他、不要理他、再待几年.
2楼2012-07-03 15:01:37
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ldy2140

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsss at 2012-07-03 15:01:37
建立文件夹的方法肯定是没有的，如果你说的菌株序列如果不是很多的话，可以一个个建数据库，至少很清晰；如果你要觉得一个个太麻烦就把这些fasta文件用cat命令合成一个，cat 1.fasta 2.fasta ....>db.fasta,
如 ...

我是win32的系统 用bioedit合并了
但合并时数据量太大导致内存溢出 最后只能分两部分合成两个 分别有800MB左右
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伸手摘星，未必你如愿，但不会弄脏你的手。
3楼2012-07-03 19:54:03
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lsss

木虫 (正式写手)

121-水手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
ldy2140: 金币+5, ★有帮助, 看来我要考虑换系统了 2012-07-04 22:31:13
在windows系统下运行超大文件肯定会死机，所以建议用linux系统（比如cent os），再大的文件也能打开，就是慢点。另外，你在linux下可以用cat命令直接合并文件，或查看文件，很方便的~~~
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4楼2012-07-04 13:19:48
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lsss

木虫 (正式写手)

121-水手
我开始也是处于挣扎中，后来发现linux系统没想象中那么难，借本linux入门的指南什么的，很容易的。另外，网上有一大堆关于xp+linux双系统安装的资料，你可以参考下~~~
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昔日寒山问拾得曰：世间谤我、欺我、辱我、笑我、轻我、贱我、恶我、骗我、如何处治乎？拾得云：只是忍他、让他、由他、避他、耐他、敬他、不要理他、再待几年.
5楼2012-07-05 07:50:19
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