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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 批量序列比对分析
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

[求助] 批量序列比对分析 已有2人参与

想同时比对几百个基因在某一个基因组中是否存在同源基因，如何实现？
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我们都是芸芸众生的小人物，相遇相知，都是幸福！
1楼 2014-09-30 10:15:18
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-10-03 07:16:47
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:02
你可以下载bioedit这个软件（google一下就有），用它的本地blast功能，可以同时做多个query序列。摸索一下就行。
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2楼2014-10-02 22:49:06
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2014-10-02 22:49:06
你可以下载bioedit这个软件（google一下就有），用它的本地blast功能，可以同时做多个query序列。摸索一下就行。

可以做多个序列与一个相同的基因组比对吗？
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3楼2014-10-04 16:51:22
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:12
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-10-04 18:46:34
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:46:34
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

谢谢~
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5楼2014-10-05 15:53:57
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:46:34
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

你好，想请教一个问题：我想比对多个蛋白在整个链霉菌种属中的同源蛋白，因为不可能把所有链霉菌的蛋白数据库都下载到本地，应该如何实现呢？另外，新版本的blastp参数应该如何设置呢？要求e-value 1-e-30,  identity above 80%, a matching length of at least 70% of the query sequence
非常感谢！
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6楼2014-10-11 15:44:12
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:46:34
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

你好，想请教一个问题：我想比对多个蛋白在整个链霉菌种属中的同源蛋白，因为不可能把所有链霉菌的蛋白数据库都下载到本地，应该如何实现呢？另外，新版本的blastp参数应该如何设置呢？要求e-value 1-e-30,  identity above 80%, a matching length of at least 70% of the query sequence
非常感谢！
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7楼2014-10-11 15:44:19
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by bettyshan at 2014-10-11 15:44:19
你好，想请教一个问题：我想比对多个蛋白在整个链霉菌种属中的同源蛋白，因为不可能把所有链霉菌的蛋白数据库都下载到本地，应该如何实现呢？另外，新版本的blastp参数应该如何设置呢？要求e-value 1-e-30,  ident ...

用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点，下载那些带“nonredundant” 和“faa”的，所有231个文件，蛋白估计也就10多个G，总能下载完的。下载完之后可以从这些序列中挑出链霉菌的序列，然后构建blast数据库，这一步估计要写一些计算机代码，不知道你会不会。
上面的方法最准确但是有些麻烦，你也可以到uniprot网站http://www.uniprot.org/里头，搜索streptomyces，出来的就是链霉菌的蛋白，大约是60万条，搜索完后这个网站会提供序列下载，点击download就行了，下载fasta格式的序列可以直接用来构建blast数据库。
有blast数据库之后比对就比较简单了，难的估计是分析比对结果。你说的e-value比较好办， identity和 matching我不知道该怎么控制，不过用blast的-m8参数可以输出Tab类型的结果，要筛选 identity和 matching应该也不难。
我以前做过类似你说的东西，不过我找的是真菌蛋白，当时找到的真菌序列大约是200万，我估计链霉菌的也是百万级别。百万级别的序列不算多，想要完成你说的这类任务，你得习惯同这种大数据打交道。
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8楼2014-10-11 17:18:50
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-11 17:18:50
用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点 ...

真的是要这样下载吗？感觉下载时间好久呀。。。。
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9楼2014-10-13 09:23:59
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-11 17:18:50
用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点 ...

非常感谢了，如果有什么高速下载方法就好了~~
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10楼2014-10-13 09:24:46
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