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2楼2014-10-02 22:49:06
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用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点，下载那些带“nonredundant” 和“faa”的，所有231个文件，蛋白估计也就10多个G，总能下载完的。下载完之后可以从这些序列中挑出链霉菌的序列，然后构建blast数据库，这一步估计要写一些计算机代码，不知道你会不会。 上面的方法最准确但是有些麻烦，你也可以到uniprot网站http://www.uniprot.org/里头，搜索streptomyces，出来的就是链霉菌的蛋白，大约是60万条，搜索完后这个网站会提供序列下载，点击download就行了，下载fasta格式的序列可以直接用来构建blast数据库。 有blast数据库之后比对就比较简单了，难的估计是分析比对结果。你说的e-value比较好办， identity和 matching我不知道该怎么控制，不过用blast的-m8参数可以输出Tab类型的结果，要筛选 identity和 matching应该也不难。 我以前做过类似你说的东西，不过我找的是真菌蛋白，当时找到的真菌序列大约是200万，我估计链霉菌的也是百万级别。百万级别的序列不算多，想要完成你说的这类任务，你得习惯同这种大数据打交道。 |
8楼2014-10-11 17:18:50
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9楼2014-10-13 09:23:59
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10楼2014-10-13 09:24:46
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