| 查看: 2163 | 回复: 12 | |||
bettyshan木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
|
[求助]
批量序列比对分析 已有2人参与
|
| 想同时比对几百个基因在某一个基因组中是否存在同源基因，如何实现？ |
回复此楼» 猜你喜欢
291求调剂
已经有7人回复
-
300求调剂
已经有8人回复
-
求调剂推荐
已经有7人回复
-
289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校)
已经有4人回复
-
0854求调剂
已经有13人回复
-
初试324 中药学 一志愿天中医 求调剂
已经有3人回复
-
药学求调剂
已经有14人回复
-
327求调剂
已经有27人回复
-
急需调剂
已经有5人回复
-
271求调剂
已经有33人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 蛋白质序列对比的软件
已经有3人回复
- 如何批量blast？
已经有4人回复
- 批量下载蛋白序列，望高手援助！
已经有3人回复
- 多序列比对方法
已经有10人回复
- 蛋白序列的BLAST
已经有4人回复
- 核酸序列比对方法
已经有8人回复
- 求问各位大神，有没有 快速 批量 比对16S或ITS序列的软件或方法？
已经有9人回复
- 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢
已经有7人回复
- NCBI blast 序列比对遇到的问题
已经有4人回复
- 序列比对软件的选择和进化树制作
已经有9人回复
- 批量Blast比对
已经有7人回复
- 序列比对，相似性
已经有7人回复
- 【交流】Blast比对结果解惑
已经有11人回复
- 【求助/交流】如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于基因序列比对
已经有6人回复
- 【求助/交流】序列比对-图片处理
已经有20人回复
- 【求助/交流】DNAMAN序列比对结果的N是什么意思
已经有16人回复
- 【求助/交流】请教多个蛋白质序列比对显示保守区域的问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】关于ncbi上比对结果的问题
已经有6人回复
- 【求助/交流】关于序列去genbank比对的问题
已经有11人回复
- 【求助/交流】请教clustal 多重序列比对出现的问题
已经有5人回复
- 【求助/交流】核酸序列比对
已经有8人回复
lcat
木虫 (小有名气)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 2603.1
- 散金: 5
- 红花: 4
- 帖子: 200
- 在线: 138.8小时
- 虫号: 184666
- 注册: 2006-02-14
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
2楼2014-10-02 22:49:06
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
3楼2014-10-04 16:51:22
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- BioEPI: 1
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
4楼2014-10-04 18:46:34
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
5楼2014-10-05 15:53:57
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
6楼2014-10-11 15:44:12
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
7楼2014-10-11 15:44:19
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- BioEPI: 1
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
|
用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点，下载那些带“nonredundant” 和“faa”的，所有231个文件，蛋白估计也就10多个G，总能下载完的。下载完之后可以从这些序列中挑出链霉菌的序列，然后构建blast数据库，这一步估计要写一些计算机代码，不知道你会不会。 上面的方法最准确但是有些麻烦，你也可以到uniprot网站http://www.uniprot.org/里头，搜索streptomyces，出来的就是链霉菌的蛋白，大约是60万条，搜索完后这个网站会提供序列下载，点击download就行了，下载fasta格式的序列可以直接用来构建blast数据库。 有blast数据库之后比对就比较简单了，难的估计是分析比对结果。你说的e-value比较好办， identity和 matching我不知道该怎么控制，不过用blast的-m8参数可以输出Tab类型的结果，要筛选 identity和 matching应该也不难。 我以前做过类似你说的东西，不过我找的是真菌蛋白，当时找到的真菌序列大约是200万，我估计链霉菌的也是百万级别。百万级别的序列不算多，想要完成你说的这类任务，你得习惯同这种大数据打交道。 |
8楼2014-10-11 17:18:50
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
9楼2014-10-13 09:23:59
bettyshan
木虫 (正式写手)
梦幻biobrick
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1167.2
- 散金: 789
- 红花: 4
- 帖子: 508
- 在线: 63.2小时
- 虫号: 695679
- 注册: 2009-02-03
- 性别: MM
- 专业: 微生物生理与生物化学
10楼2014-10-13 09:24:46
10