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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 批量序列比对分析
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

[求助] 批量序列比对分析 已有2人参与

想同时比对几百个基因在某一个基因组中是否存在同源基因，如何实现？
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我们都是芸芸众生的小人物，相遇相知，都是幸福！
1楼 2014-09-30 10:15:18
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:46:34
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

你好，想请教一个问题：我想比对多个蛋白在整个链霉菌种属中的同源蛋白，因为不可能把所有链霉菌的蛋白数据库都下载到本地，应该如何实现呢？另外，新版本的blastp参数应该如何设置呢？要求e-value 1-e-30,  identity above 80%, a matching length of at least 70% of the query sequence
非常感谢！
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6楼2014-10-11 15:44:12
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-10-03 07:16:47
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:02
你可以下载bioedit这个软件（google一下就有），用它的本地blast功能，可以同时做多个query序列。摸索一下就行。
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2楼2014-10-02 22:49:06
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick
引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2014-10-02 22:49:06
你可以下载bioedit这个软件（google一下就有），用它的本地blast功能，可以同时做多个query序列。摸索一下就行。

可以做多个序列与一个相同的基因组比对吗？
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我们都是芸芸众生的小人物，相遇相知，都是幸福！
3楼2014-10-04 16:51:22
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:12
NCBI有local blast供下载，网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-10-04 18:46:34
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