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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何批量blast？
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nico7

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何批量blast？ 已有3人参与

试验材料基因组已经测序完成，想克s-rnase基因（还没有在我的材料上有克隆过），该基因在蔷薇科其他物种中已经有很多报到，随机选了几个和基因组比对，比对结果很差，想对基因组和所有s-rnase 进行比对，一个一个进行太慢，怎样可以进行这样批量的比对，谢谢了。
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1楼 2014-05-14 15:37:30
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
写个批处理，用blast本地版
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2楼2014-05-14 18:23:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
或者用bioperl什么的自动提交blast请求到ncbi。
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3楼2014-05-15 04:23:08
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nico7

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2014-05-14 18:23:10
写个批处理，用blast本地版

谢谢，今天看网上安装方法弄了一天，本地版还是没装上，老是一打开就自动退出
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4楼2014-05-16 19:11:33
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growlywolf

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by nico7 at 2014-05-16 19:11:33
谢谢，今天看网上安装方法弄了一天，本地版还是没装上，老是一打开就自动退出...

本地blast是命令行形式的，你直接双击打开当然会直接退出。
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5楼2014-05-17 11:39:08
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