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nico7

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何批量blast? 已有3人参与

试验材料基因组已经测序完成,想克s-rnase基因(还没有在我的材料上有克隆过),该基因在蔷薇科其他物种中已经有很多报到,随机选了几个和基因组比对,比对结果很差,想对基因组和所有s-rnase 进行比对,一个一个进行太慢,怎样可以进行这样批量的比对,谢谢了。
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
写个批处理,用blast本地版
2楼2014-05-14 18:23:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

或者用bioperl什么的自动提交blast请求到ncbi。
3楼2014-05-15 04:23:08
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nico7

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Fleaves at 2014-05-14 18:23:10
写个批处理,用blast本地版

谢谢,今天看网上安装方法弄了一天,本地版还是没装上,老是一打开就自动退出
4楼2014-05-16 19:11:33
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growlywolf

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by nico7 at 2014-05-16 19:11:33
谢谢,今天看网上安装方法弄了一天,本地版还是没装上,老是一打开就自动退出...

本地blast是命令行形式的,你直接双击打开当然会直接退出。
5楼2014-05-17 11:39:08
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