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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 向NCBI提交序列，有没有片段长度限制？
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叮叮0504

新虫 (初入文坛)

[求助] 向NCBI提交序列，有没有片段长度限制？

向NCBI提交序列，有没有片段长度限制？  
我做的是16Sv3区的DGGE，切胶后我没有做TA克隆，直接送出去测序，（因为我们的样品前期已经做过了16S克隆文库），测序结果和自己的文库相比，现在我想将测序的序列提交至NCBI，但是由于片段长度只有200bp左右，不知道这样的序列能不能提交至ncbi，求各位大虾帮忙解答，谢谢了！
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1楼 2013-12-02 14:40:36
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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不可以，NCBI已经不收这么短的序列了。你可以向EMBL提交，获得序列号。
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2楼2013-12-03 09:36:27
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bikexmx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是不行了，你可以提交试试，16S应该和其他基因不太一样，如果不行NCBI就会退回的，也没什么损失
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前方总有更多挑战，战胜恐惧，勇往向前，加油~~~~
3楼2013-12-04 16:45:43
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yueyue月

金虫 (初入文坛)
我做的也是16s V3区DGGE，得到的片段都不到200bp，但是用NCBI都提交上了，是10月的事，应该是可以的，提交的时候你好好的解释一下就凶行。
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4楼2013-12-08 16:01:57
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yueyue月

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我做的也是16s V3区DGGE，最后测序得到的分子片段都不到200bp，用的就是NCBI提交的，最后都提交上了，就是10月份时候的事，你提交的时候和他们好好解释一下你序列的由来，是可以的。
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5楼2013-12-08 16:04:25
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