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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xiaoma0556

木虫 (正式写手)


[交流] 为什么要用本地blast

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lsss

木虫 (正式写手)



xiaoma0556(金币+1): 谢谢参与
本地blast是为了进行批量比对,假如你只有几十条序列可以用在线,如果你有上万条序列,还能用在线吗?
2楼2012-06-15 19:06:13
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ilxly

木虫 (小有名气)



xiaoma0556(金币+1): 谢谢参与
都可以啊 本地的针对性更强些
3楼2012-06-15 23:11:22
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weigh1111

铁杆木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
断网的时候就知道能本地blast的好处了……而且假如你有些序列,尤其是基因组序列在NCBI数据库里面没有的话,能本地做blast就会方便很多
4楼2012-06-16 10:30:45
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robertorun

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yqbter: 金币+2, 鼓励应助! 2012-06-16 12:34:38
本地化blast的考虑如下:
1.数据量大;
2.blast的数据库特殊,网络上没有,自己建立的;
3.数据安全性;
4.网络不好
......
5楼2012-06-16 11:02:47
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsss at 2012-06-15 19:06:13
本地blast是为了进行批量比对,假如你只有几十条序列可以用在线,如果你有上万条序列,还能用在线吗?

可以啊,用bioperl什么的,都是现成的库。
6楼2012-07-05 20:36:34
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任天青

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2012-07-05 20:36:34
可以啊,用bioperl什么的,都是现成的库。...

求教,在不构建本地数据库的情况下,用bioperl批量在线blast的方法
本人网上找了半天,就是没看到有人写出这样的教程。虚心求教

此外,我觉得,URLAPI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html)对于楼主的要求而已,可能比较靠谱。我也刚发现,一起学习
7楼2012-07-23 10:55:18
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 任天青 at 2012-07-23 10:55:18
求教,在不构建本地数据库的情况下,用bioperl批量在线blast的方法
本人网上找了半天,就是没看到有人写出这样的教程。虚心求教

此外,我觉得,URLAPI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.h ...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/
8楼2012-07-23 17:22:09
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