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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 为什么要用本地blast
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xiaoma0556

木虫 (正式写手)

[交流] 为什么要用本地blast

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1楼2012-06-15 16:06:21
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lsss

木虫 (正式写手)
★
xiaoma0556(金币+1): 谢谢参与
本地blast是为了进行批量比对，假如你只有几十条序列可以用在线，如果你有上万条序列，还能用在线吗？
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2楼2012-06-15 19:06:13
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ilxly

木虫 (小有名气)
★
xiaoma0556(金币+1): 谢谢参与
都可以啊 本地的针对性更强些
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3楼2012-06-15 23:11:22
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weigh1111

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
断网的时候就知道能本地blast的好处了……而且假如你有些序列，尤其是基因组序列在NCBI数据库里面没有的话，能本地做blast就会方便很多
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4楼2012-06-16 10:30:45
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robertorun

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
yqbter: 金币+2, 鼓励应助！ 2012-06-16 12:34:38
本地化blast的考虑如下：
1.数据量大；
2.blast的数据库特殊，网络上没有，自己建立的；
3.数据安全性；
4.网络不好
......
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5楼2012-06-16 11:02:47
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsss at 2012-06-15 19:06:13
本地blast是为了进行批量比对，假如你只有几十条序列可以用在线，如果你有上万条序列，还能用在线吗？

可以啊，用bioperl什么的，都是现成的库。
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6楼2012-07-05 20:36:34
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任天青

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2012-07-05 20:36:34
可以啊，用bioperl什么的，都是现成的库。...

求教，在不构建本地数据库的情况下，用bioperl批量在线blast的方法
本人网上找了半天，就是没看到有人写出这样的教程。虚心求教

此外，我觉得，URLAPI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html）对于楼主的要求而已，可能比较靠谱。我也刚发现，一起学习
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7楼2012-07-23 10:55:18
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 任天青 at 2012-07-23 10:55:18
求教，在不构建本地数据库的情况下，用bioperl批量在线blast的方法
本人网上找了半天，就是没看到有人写出这样的教程。虚心求教

此外，我觉得，URLAPI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.h ...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK55699/
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8楼2012-07-23 17:22:09
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