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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 批量序列比对分析
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卡卡罗特zxg

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-11 17:18:50
用本地blast是要下载所有链霉菌的蛋白序列的，NCBI里好像没有单独将链霉菌的蛋白整理出来，你可以下载所有细菌的蛋白，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/bacteria/这个FTP里头，进去之后网页拉到下面一点 ...

我想问一下，我目的是为了找出20种物种的共有基因，将20种物种基因建立数据库，然后自己与自己比对，得到的结果是：每个基因与其匹配的基因数及序列，我该如何进一步分析得出共有基因?
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11楼2016-10-17 09:19:27
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡卡罗特zxg at 2016-10-17 09:19:27
我想问一下，我目的是为了找出20种物种的共有基因，将20种物种基因建立数据库，然后自己与自己比对，得到的结果是：每个基因与其匹配的基因数及序列，我该如何进一步分析得出共有基因?...

个人的一些建议，不一定对，你最好是找到类似的文献，然后根据文献方法来找。
比如A、B、C三个物种，如果我做的话，我会先找A、B物种的共有基因，然后再用A、B共有的基因调C物种的基因。
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12楼2016-10-18 08:58:18
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卡卡罗特zxg

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by liuderong at 2016-10-18 08:58:18
个人的一些建议，不一定对，你最好是找到类似的文献，然后根据文献方法来找。
比如A、B、C三个物种，如果我做的话，我会先找A、B物种的共有基因，然后再用A、B共有的基因调C物种的基因。...

好
13楼2016-10-18 21:28:42
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