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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

[求助] 批量序列比对分析 已有2人参与

想同时比对几百个基因在某一个基因组中是否存在同源基因,如何实现?
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我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 卡卡罗特zxg at 2016-10-17 09:19:27
我想问一下,我目的是为了找出20种物种的共有基因,将20种物种基因建立数据库,然后自己与自己比对,得到的结果是:每个基因与其匹配的基因数及序列,我该如何进一步分析得出共有基因?...

个人的一些建议,不一定对,你最好是找到类似的文献,然后根据文献方法来找。
比如A、B、C三个物种,如果我做的话,我会先找A、B物种的共有基因,然后再用A、B共有的基因调C物种的基因。
12楼2016-10-18 08:58:18
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-10-03 07:16:47
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:02
你可以下载bioedit这个软件(google一下就有),用它的本地blast功能,可以同时做多个query序列。摸索一下就行。
2楼2014-10-02 22:49:06
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2014-10-02 22:49:06
你可以下载bioedit这个软件(google一下就有),用它的本地blast功能,可以同时做多个query序列。摸索一下就行。

可以做多个序列与一个相同的基因组比对吗?
我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
3楼2014-10-04 16:51:22
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
bettyshan: 金币+5, ★有帮助 2014-10-06 15:29:12
NCBI有local blast供下载,网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-10-04 18:46:34
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