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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

[求助] 批量序列比对分析 已有2人参与

想同时比对几百个基因在某一个基因组中是否存在同源基因,如何实现?
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我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:46:34
NCBI有local blast供下载,网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

你好,想请教一个问题:我想比对多个蛋白在整个链霉菌种属中的同源蛋白,因为不可能把所有链霉菌的蛋白数据库都下载到本地,应该如何实现呢?另外,新版本的blastp参数应该如何设置呢?要求e-value 1-e-30,  identity above 80%, a matching length of at least 70% of the query sequence
非常感谢!
我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
7楼2014-10-11 15:44:19
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lcat

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 感谢应助 2014-10-03 07:16:47
bettyshan: 金币+5, 有帮助 2014-10-06 15:29:02
你可以下载bioedit这个软件(google一下就有),用它的本地blast功能,可以同时做多个query序列。摸索一下就行。
2楼2014-10-02 22:49:06
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bettyshan

木虫 (正式写手)

梦幻biobrick

引用回帖:
2楼: Originally posted by lcat at 2014-10-02 22:49:06
你可以下载bioedit这个软件(google一下就有),用它的本地blast功能,可以同时做多个query序列。摸索一下就行。

可以做多个序列与一个相同的基因组比对吗?
我们都是芸芸众生的小人物,相遇相知,都是幸福!
3楼2014-10-04 16:51:22
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
bettyshan: 金币+5, 有帮助 2014-10-06 15:29:12
NCBI有local blast供下载,网上还有很多教程。本地blast的确非常合适解决你的问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-10-04 18:46:34
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